Package: gubbins (3.4-1)

[ Source: gubbins  ]

Fylogenetisk analyse af genomsekenser

Gubbins understøtter hurtig fylogenetisk analyse af store prøver af rekombinante bakterielle hele genomsekvenser.

Gubbins (Genealogies Unbiased By recomBinations In Nucleotide Sequences) er en algoritme, der iterativt identificerer loci indeholdende forhøjede tætheder af basesubstitutioner, mens der samtidigt konstrueres en fylogeni baseret på de formodede punktmutationer uden for disse regioner. Simuleringer der påviser algoritmen frembringer meget præcise rekonstruktioner under realistiske modeller af kortsigtet bakteriel evolution, og kan køres i kun et par timer på justeringer af hundreder af bakterielle genomsekvenser.

Other Packages Related to gubbins

• dep: libc6 (>= 2.34)

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: python3

  Interaktivt objektorienteret højniveausprog - standardversion af Python 3

• dep: python3-biopython

  Python 3-bibliotek for bioinformatik

• dep: python3-dendropy

  DendroPy Phylogenetic Computing Library - Python 3

• dep: python3-multiprocess

  better multiprocessing and multithreading in Python

• dep: python3-numpy

  Hurtig tabelfacilitet til Python 3-sproget

• dep: python3-scipy

  Videnskabelige værktøjer for Python 3

• dep: raxml

  Randomized Axelerated Maximum Likelihood for pylogenetiske træer

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Komprimeringsbibliotek - kørselstid

• rec: fasttree

  Fylogenetiske træer fra opstillinger af nukleotid- eller proteinsekvenser

• rec: iqtree

  Effektivt fylogenetisk program ved maksimal sandsynlighed

• sug: r-base-core

  GNU R-kerne af statistisk beregning og grafiksystem

Download gubbins

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
amd64	92.8 kB	482.0 kB	[list of files]
i386	93.6 kB	485.0 kB	[list of files]