Package: maffilter (1.3.1+dfsg-6)

[ Source: maffilter  ]

Behandl genomsammenligning i Multiple Alignment Format

MafFilter anvender en serie af »filtre« på en MAF-fil, for at rense den, udtrække data og computerstatistik mens der holdes styr på de associerede metadata såsom genomkoordinater og kvalitetsbedømmelser.

 * Kan behandle sammenligningen for at fjerne maskerede regioner i lav
   kvalitet og/eller tvetydige.
 * Kan eksportere data i en enkel eller flere sammenligningsfiler i et
   format såsom Fasta eller clustal.
 * Kan læse annotationsdata i GFF- eller GTF-format, og udtrække den
   tilsvarende sammenligning
 * Kan udføre glidende vinduesberegninger
 * Kan rekonstruere fylogeni/slægtsforskning sammen med
   genomsammenligningen.
 * Kan beregne statistik for populationsgenetik, såsom
   stedfrekvensspektrum, antallet af faste/pymorfiske steder etc.

Other Packages Related to maffilter

• dep: libboost-iostreams1.83.0 (>= 1.83.0)

  Bibliotek for Boost.Iostreams

• dep: libbpp-core4t64 (>= 2.4.1)

  Bio++ Core-bibliotek

• dep: libbpp-phyl-omics3t64 (>= 2.4.1)

  Bio++ Phylogenetics-bibliotek - genomiske komponenter

• dep: libbpp-phyl12t64 (>= 2.4.1)

  Bio++ Phylogentic-bibliotek

• dep: libbpp-seq-omics3t64 (>= 2.4.1)

  Bio++-sekvensbibliotek: genomiske komponenter

• dep: libbpp-seq12t64 (>= 2.4.1)

  Bio++ Sequence-bibliotek

• dep: libc6 (>= 2.34)

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.5)

  GCC støttebibliotek

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  GNU Standard C++ bibliotek v3

• sug: maffilter-examples

  Behandl genomsammenligning i Multiple Alignment Format - dataeksempler

Download maffilter

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
armel	222.9 kB	1,179.0 kB	[list of files]