Package: python3-shasta (0.12.0-1 and others)

[ Source: shasta  ]

Nanopore-helgenomsamling - dynamisk bibliotek

De novo-samling fra Oxford Nanopore-læsninger. Formålet med Shasta lang læsnings-samleren er hurtigt at fremstille en præcis samlet sekvens via DNA-læsninger som inddata oprettet af Oxford Nanopore-forløbsceller.

Beregningsmetoder brugt af Shasta-samlerne inkluderer:

 * Brug af en afviklingslængde repræsentation for læsesekvensen. Dette
   gør samlingsprocessen meget modstandsdygtig for fejl i homopolymer
   gentagsantal, der er den hyppigste fejltype i Oxford Nanopore-læsninger.

 * Brug i nogle faser af beregningen en repræsentation af læsningssekvensen
   baseret på markører, et fast undersæt af korte k-mer'er (k ≈ 10).

Shastas samlingskvalitet kan sammenlignes med eller er bedre end samlingskvaliteten opnået af andre lang læsnings-samlere.

Denne pakke indeholder det dynamiske bibliotek, der kan tilgås og importeres i Python.

Other Packages Related to python3-shasta

• dep: libblas3

  Grundlæggende reference-implementeringer til lineær algebra, delt bibliotek

  or libblas.so.3

  virtual package provided by libblas3, libblis4-openmp, libblis4-pthread, libblis4-serial, libopenblas0-openmp, libopenblas0-pthread, libopenblas0-serial

• dep: libboost-program-options1.83.0 (>= 1.83.0)

  bibliotek til programindstillinger for C++

• dep: libboost-serialization1.83.0 (>= 1.83.0)

  Serialiseringsbibliotek for C++

• dep: libc6 (>= 2.38)

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

  GCC støttebibliotek

• dep: liblapack3

  Bibliotek for lineære algebrarutiner 3 - delt version

  or liblapack.so.3

  virtual package provided by liblapack3, libopenblas0-openmp, libopenblas0-pthread, libopenblas0-serial

• dep: libpng16-16t64 (>= 1.6.2)

  PNG-bibliotek - kørselstid (version 1.6)

• dep: libpython3.12t64 (>= 3.12.1)

  Delt Pythonkørselstidsbibliotek - version 3.12

• dep: libspoa7.0.0 (>= 4.1.4)

  SIMD-sammenligningsværktøj for partial order

• dep: libstdc++6 (>= 14)

  GNU Standard C++ bibliotek v3

• dep: ncbi-blast+

  Næste generation programpakke for BLAST-sekvens søgeværktøjer

• dep: python3 (<< 3.13)

  Interaktivt objektorienteret højniveausprog - standardversion af Python 3

  dep: python3 (>= 3.12~)

Download python3-shasta

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
arm64	0.12.0-1+b2	1,915.1 kB	7,742.0 kB	[list of files]