Package: ugene (51.0+dfsg-3)

[ Source: ugene  ]

Integreret værktøjssæt for bioinformatik

Unipro UGENE er et visuel miljø for DNA- og proteinsekvensanalyse til flere platforme. UGENE integrerer de vigtigste beregningsmæssige bioinformatik-algoritmer og tilbyder en nem brugerflade til at udføre kompleks analyse af genomdata. En af hovedfunktionerne i UGENE er en designer af egne arbejdsforløb indenfor bioinformatik.

Other Packages Related to ugene

• dep: libc6 (>= 2.38)

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

  GCC støttebibliotek

• dep: libgl1

  Leverandørneutralt GL-afsendelsesbibliotek - forældet GL-understøttelse

• dep: libglu1-mesa

  Mesa OpenGL-redskabsbibliotek - GLU

  or libglu1

  virtual package provided by libglu1-mesa

• dep: libqt5core5t64 (>= 5.15.1)

  Qt 5 - basismodul

• dep: libqt5gui5t64 (>= 5.14.1)

  Qt 5 GUI-modul

  or libqt5gui5-gles (>= 5.14.1)

  Qt 5 GUI-modul - OpenGL ES-variant

• dep: libqt5network5t64 (>= 5.15.1)

  Qt 5 - netværksmodul

• dep: libqt5networkauth5 (>= 5.11.2)

  Kontoadgang via internettet for Qt-programmer - bibliotek

• dep: libqt5printsupport5t64 (>= 5.0.2)

  Qt 5 - modul til understøttelse af udskrifter

• dep: libqt5script5 (>= 5.6.0~beta)

  Qt 5 - skriptmodul

• dep: libqt5scripttools5 (>= 5.6.0~beta)

  Qt 5 script tools-modul

• dep: libqt5svg5 (>= 5.6.0~beta)

  Qt 5 SVG-modul

• dep: libqt5test5t64 (>= 5.6.0~beta)

  Qt 5 - testmodul

• dep: libqt5websockets5 (>= 5.6.0)

  Qt 5 - Web Sockets-modul

• dep: libqt5widgets5t64 (>= 5.15.1)

  Qt 5 - kontrolmodul

• dep: libqt5xml5t64 (>= 5.1.0)

  Qt 5 - XML-modul

• dep: libsqlite3-0 (>= 3.7.11)

  Delt bibliotek til SQLite 3

• dep: libstdc++6 (>= 14)

  GNU Standard C++ bibliotek v3

• dep: libx11-6

  X11 klientside bibliotek

• dep: libxtst6 (>= 2:1.2.5)

  Test af X11 - Record-biblioteksudvidelse

• dep: ugene-data

  Krævede data for UGENE - integreret bioinformatikværktøjssæt

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3)

  Komprimeringsbibliotek - kørselstid

• rec: bedtools

  Programpakke med redskaber for sammenligning af arvemassefunktioner

• rec: bowtie

  Ultrahurtig og hukommelseseffektiv short read-sammenligner

• rec: bowtie2

  Ultrahurtig og hukommelseseffektiv short read-sammenligner

• rec: bwa

  Burrows-Wheeler Aligner (sekvenssammenligner)

• rec: clark

  Package not available

• rec: clustalo

  Alment sekvenssammenligningsprogram for proteiner

• rec: clustalw

  Global nukleotid eller peptid sekvensjustering

• rec: cutadapt

  Rens biologiske sekvenser fra sekvenslæsninger med høj gennemløb

• rec: default-jre-headless

  Standardjava eller Javakompatibel kørselstid - uden skærm

• rec: fastqc

  Kvalitetskontrol for høj gennemløb af sekvensdata

• rec: hisat2

  Grafbaseret sammenligning af korte nukleoide læsninger for mange genomer

• rec: hmmer

  Profilskjulte Markov-modeller for proteinsekvensanalyse

• rec: hmmer2

  Profilskjulte Markov-modeller for proteinsekvensanalyse

• rec: kalign

  Global og progressiv flersekvensjustering

• rec: kraken

  Tildeling af taksonomiske etiketter til korte DNA-sekvenser

• rec: macs

  Modelbaseret analyse af ChIP-Seq på korte læsesekvenser

• rec: mafft

  Program til justering af flere aminosyrer eller nukleotide sekvenser

• rec: metaphlan2

  virtual package provided by metaphlan

• rec: mrbayes

  Bayesiansk inferens for fylogeni

• rec: muscle

  Flerjusteringsprogram for proteinsekvenser

• rec: ncbi-blast+

  Næste generation programpakke for BLAST-sekvens søgeværktøjer

• rec: phyml

  Fylogenisk estimering der bruger maksimum lIkelihood

• rec: primer3

  Værktøj til at designe flankerende, oligo-nukleotider til DNA-amplifikation

• rec: r-base

  GNU R statistisk beregning og grafiksystem

• rec: samtools

  Forarbejdning af sekvensopstillinger i SAM-, BAM- og CRAM-formater

• rec: spades

  Genomsamler for single-celle- og isolates-datasæt

• rec: t-coffee

  Flersekvensjustering

• rec: trimmomatic

  Fleksibelt værktøj til læsetrimning af Illumina NGS-data

• rec: vcftools

  Samling af værktøjer til arbejdet med VCF-filer

• rec: wevote

  Package not available

• sug: cufflinks

  Transcript assembly, differential expression and regulation for RNA-Seq

Download ugene

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
amd64	22,449.7 kB	86,956.0 kB	[list of files]