Package: sra-toolkit (3.0.9+dfsg-7 and others)

[ Source: sra-sdk  ]

Redskaber for NCBI Sequence Read Archive

Værktøjer til at læse SRA-arkivet, generelt ved at konvertere individuelle kørsler til et ofte anvendt format såsom fastq.

De tekstmæssige dumpere »sra-dump« og »vdb-dump« tilbydes i denne udgivelse som en hjælp til visuel inspektion. Det er sandsynligt, at den faktiske uddataformatering vil blive ændret i den nære fremtid for en mere stringent, mere formaliseret repræsentation. AFHÆNG IKKE AF UDDATAFORMATET I DENNE UDGIVELSE.

Andre værktøjer distribueret i denne pakke er:

 abi-dump, abi-load
 align-info
 bam-load
 cache-mgr
 cg-load
 copycat
 fasterq-dump
 fastq-dump, fastq-load
 helicos-load
 illumina-dump, illumina-load
 kar
 kdbmeta
 latf-load
 pacbio-load
 prefetch
 rcexplain
 remote-fuser
 sff-dump, sff-load
 sra-pileup, sra-sort, sra-stat, srapath
 srf-load
 test-sra
 vdb-config, vdb-copy, vdb-decrypt, vdb-encrypt, vdb-get, vdb-lock,
 vdb-passwd, vdb-unlock, vdb-validate

Informationen »Help« vil blive forbedret i fremtidige udgivelser og værktøjsindstillingerne vil blive standardiseret på tværs af sættet. Yderligere dokumentation vil også blive lagt på NCBI-hjemmesiden.

Værktøjsindstillinger kan ændre sig i den næste udgivelse. Version 1- værktøjsindstillinger vil forblive understøttet hvor muligt for at bevare funktionaliteten på eksisterende skripter.

Other Packages Related to sra-toolkit

• dep: libc6 (>= 2.38)

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

  GCC støttebibliotek

• dep: libhdf5-310 (>= 1.14.3)

  HDF5 C-kørselstidsfiler - seriel version

• dep: libmagic1t64 (>= 5.12)

  Bestem typen af data i en fil via brug af »magiske« tal - bibliotek

• dep: libncbi-vdb3 (>= 3.0.9+dfsg)

  Biblioteker for brug af data i INSDC Sequence Read Archives

• dep: libncbi-wvdb3 (>= 3.0.9+dfsg)

  Virtuelt lagopdateringsmodul for biblioteket ncbi-vdb

• dep: libstdc++6 (>= 14)

  GNU Standard C++ bibliotek v3

• dep: libxml2 (>= 2.7.4)

  XML-bibliotek til GNOME

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.2)

  Komprimeringsbibliotek - kørselstid

• rec: med-config

  Debian Med - generel konfigurationspakke

Download sra-toolkit

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
amd64	3.0.9+dfsg-7+b2	6,366.4 kB	16,603.0 kB	[list of files]