Package: r-bioc-dada2 (1.32.0+dfsg-1)

[ Source: r-bioc-dada2  ]

Prøveslutning fra amplicon-sekventeringsdata

Pakken dada2 bidrager til programarbejdsforløb for at fortolke sekventeringsdata fra mikrobiota - den relative overflod af bakteriel og/eller gær, typisk målt i tarmen. Det udleder de nøjagtige amplicon-sekvensvarianter (ASV'er) fra høj gennemløb amplicon-sekventeringsdata, erstatter den grovere og mindre nøjagtige OTU-klyngetilgang. Dada2-datakanalen bruger som datademultipleksede fastq-filer, og udlæser sekvensvarianterne og deres stikprøvemæssige mængder efter at have fjernet substitution og kimære fejl. Taksonomisk klassificering er tilgængelig via en indbygget implementering af RDP-naiv bayesiansk klassifikator og tildeling på artsniveau til 16S rRNA-genfragmenter ved nøjagtig matchning.

Other Packages Related to r-bioc-dada2

• dep: libc6 (>= 2.38)

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

  GCC støttebibliotek

• dep: libstdc++6 (>= 14)

  GNU Standard C++ bibliotek v3

• dep: libtbb12 (>= 2021.4.0)

  parallelism library for C++ - runtime files

• dep: r-api-4.0

  virtual package provided by r-base-core

• dep: r-api-bioc-3.19

  virtual package provided by r-bioc-biocgenerics

• dep: r-bioc-biocgenerics (>= 0.22.0)

  Generiske funktioner for Bioconductor

• dep: r-bioc-biostrings (>= 2.42.1)

  GNU R-strengobjekter der repræsenterer biologiske sekvenser

• dep: r-bioc-iranges (>= 2.6.0)

  GNU R - containere på lavt niveau til at lagre sæt af heltalsintervaller

• dep: r-bioc-shortread (>= 1.32.0)

  GNU R - klasser og metoder for høj-gennemløb kort-læsning sekventeringsdata

• dep: r-bioc-xvector (>= 0.16.0)

  BioConductor-repræsentation og manipulering af eksterne sekvenser

• dep: r-cran-ggplot2 (>= 2.1.0)

  Implementering af Grammar of Graphics

• dep: r-cran-rcpp (>= 0.12.0)

  GNU R-pakke for Seamless R og C++-integration

• dep: r-cran-rcppparallel (>= 4.3.0)

  parallel programming tools for Rcpp

• dep: r-cran-reshape2 (>= 1.4.1)

  Fleksibelt omdanne data - en genstart af pakken reshape

• sug: r-bioc-biocstyle

  Standardstile for vignettes og andre Biocunductor-dokumenter

• sug: r-cran-knitr

  GNU R-pakke for dynamisk rapportoprettelse via Literate Programming

• sug: r-cran-rmarkdown

  convert R markdown documents into a variety of formats

Download r-bioc-dada2

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
amd64	2,745.5 kB	3,148.0 kB	[list of files]