Package: ariba (2.14.7+ds-5)

[ Source: ariba  ]

Antibiotic Resistance Identification By Assembly

ARIBA er et værktøj til at identificere antibiotikaresistensgener ved at køre lokale forsamlinger. Inddata er en FASTA-fil med referencegener og parrede sekventeringslæsninger. ARIBA rapporterer hvilke af referencegenerne der blev fundet samt detaljerede oplysninger om kvaliteten af forsamlingerne og eventuelle varianter mellem sekventeringslæsningerne og referencegenerne.

Tags: Biology: Nucleic Acids, Field: Biology, field::biology:bioinformatics, implemented-in::python, User Interface: Command Line, Role: role::program, scope::application, Purpose: Analysing

Other Packages Related to ariba

• dep: bowtie2

  Ultrahurtig og hukommelseseffektiv short read-sammenligner

• dep: cd-hit

  Programpakke designet til hurtigt at gruppere sekvenser

• dep: fastaq

  Manipuleringsværktøjer til FASTA- og FASTQ-filer

• dep: libc6 (>= 2.14)

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libfml0 (>= 0.1)

  Bibliotek til at samle Illumina-korte læsninger i små regioner

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

  GCC støttebibliotek

• dep: libminimap0 (>= 0.2)

  library for approximate mapping of long biosequences

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  GNU Standard C++ bibliotek v3

• dep: mash

  Hurtig genom- og metagenomafstandsestimering via MinHash

• dep: mummer

  Effektiv sekvensjustering for hele genomer

• dep: python3

  Interaktivt objektorienteret højniveausprog - standardversion af Python 3

  dep: python3 (<< 3.14)

  dep: python3 (>= 3.12~)

• dep: python3-biopython

  Python 3-bibliotek for bioinformatik

• dep: python3-bs4 (>= 4.1.0)

  Fejltolerant HTML-fortolker for Python 3

• dep: python3-dendropy

  DendroPy Phylogenetic Computing Library - Python 3

• dep: python3-matplotlib

  Pythonbaseret plotsystem i en stil der ligner Matlab

• dep: python3-pymummer

  Python 3-grænseflade til MUMmer

• dep: python3-pysam

  Grænseflade for SAM/BAM-sekvenssammenligning og oversættelsesformatet - Python 3

• dep: python3-tk

  Tkinter - skrivning af Tk-programmer med Python 3.x

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Komprimeringsbibliotek - kørselstid

• sug: spades

  Genomsamler for single-celle- og isolates-datasæt

Download ariba

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
amd64	1,911.4 kB	20,596.0 kB	[list of files]