Package: r-bioc-structuralvariantannotation (1.20.0+ds-1)

[ Source: r-bioc-structuralvariantannotation  ]

Variantannotationer for strukturelle varianter

StructuralVariantAnnotation indeholder nyttige hjælpefunktioner for håndtering af strukturelle varianter i VCF-format. Pakkerne indeholder funktioner til at fortolke VCF'er fra et antal populære kaldere samt funktioner til at håndtere stoppunkter involverende to separate genomiske loci kodet som GRange-objekter.

Other Packages Related to r-bioc-structuralvariantannotation

• dep: r-api-4.0

  virtual package provided by r-base-core

• dep: r-api-bioc-3.19

  virtual package provided by r-bioc-biocgenerics

• dep: r-bioc-biocgenerics (>= 0.50.0)

  Generiske funktioner for Bioconductor

• dep: r-bioc-biostrings (>= 2.72.1)

  GNU R-strengobjekter der repræsenterer biologiske sekvenser

• dep: r-bioc-genomeinfodb (>= 1.40.1)

  BioConductor-redskaber til at manipulere kromosomidentifikatorer

• dep: r-bioc-genomicfeatures (>= 1.56.0)

  GNU R-værktøjer til at lave og manipulere transcript centric-annotationer

• dep: r-bioc-genomicranges (>= 1.56.1)

  BioConductor-repræsentation og manipulation af genomiske intervaller

• dep: r-bioc-iranges (>= 2.38.1)

  GNU R - containere på lavt niveau til at lagre sæt af heltalsintervaller

• dep: r-bioc-pwalign (>= 1.0.0-2~0exp1)

  Perform pairwise sequence alignments

• dep: r-bioc-rtracklayer (>= 1.64.0)

  GNU R-grænseflade til genombrowsere og deres annotationsspor

• dep: r-bioc-s4vectors (>= 0.42.1)

  BioConductor S4-implementering af vektorer og lister

• dep: r-bioc-summarizedexperiment (>= 1.34.0)

  BioConductor - assay-container

• dep: r-bioc-variantannotation (>= 1.50.0)

  BioConductor-annotation af genetiske varianter

• dep: r-cran-assertthat

  GNU R easy pre and post assertions

• dep: r-cran-dplyr

  GNU R-grammatik for datamanipulering

• dep: r-cran-rlang

  Funktioner for basistyper samt Core R- og »Tidyverse«-funktioner

• dep: r-cran-stringr

  Gør det nemmere at arbejde med strenge

• sug: r-bioc-biovizbase (>= 1.52.0)

  GNU R-grundlæggende grafiske redskaber for visualsiering af genomiske data

• sug: r-bioc-ggbio (>= 1.52.0)

  Visualization tools for genomic data

• sug: r-cran-devtools

  Værktøjer til at gøre udvikling af R-pakker hurtigere

• sug: r-cran-ggplot2

  Implementering af Grammar of Graphics

• sug: r-cran-knitr

  GNU R-pakke for dynamisk rapportoprettelse via Literate Programming

• sug: r-cran-rmarkdown

  convert R markdown documents into a variety of formats

• sug: r-cran-roxygen2

  in-line documentation for GNU R

• sug: r-cran-testthat (>= 2.1.0)

  GNU R-testpakke

• sug: r-cran-tidyverse

  Easily Install and Load the 'Tidyverse'

Download r-bioc-structuralvariantannotation

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
all	391.2 kB	1,297.0 kB	[list of files]