Package: r-bioc-ensembldb (2.28.1+dfsg-1)

[ Source: r-bioc-ensembldb  ]

GNU R-redskaber til at oprette og bruge en Ensembl-baseret annotationsdatabase

Denne pakke tilbyder funktioner til at oprette og bruge transkript centreret annotationsdatabaser og -pakker. Annotationen for databaserne er direkte hentet fra Ensembl via deres Perl-API. Funktionaliteten og data svarer til TxDb-pakker fra pakken GenomicFeatures, men, udover at hente alle gen/transkript-modeller og -annotationer fra databasen tilbyder pakken ensembldb også en filterramme til at hente annotationer for specifikke elementer såsom gener kodet på en kromosomregion eller transkriptmodeller for lincRNA-gener.

Other Packages Related to r-bioc-ensembldb

• dep: r-api-4.0

  virtual package provided by r-base-core

• dep: r-api-bioc-3.19

  virtual package provided by r-bioc-biocgenerics

• dep: r-bioc-annotationdbi (>= 1.31.19)

  GNU R Annotation Database-grænseflade for BioConductor

• dep: r-bioc-annotationfilter (>= 1.5.2)

  Faciliteter til at filtrere Bioconductors bemærkningsressourcer

• dep: r-bioc-biobase

  Grundlæggende funktioner for Bioconductor

• dep: r-bioc-biocgenerics (>= 0.15.10)

  Generiske funktioner for Bioconductor

• dep: r-bioc-biostrings (>= 2.47.9)

  GNU R-strengobjekter der repræsenterer biologiske sekvenser

• dep: r-bioc-genomeinfodb

  BioConductor-redskaber til at manipulere kromosomidentifikatorer

• dep: r-bioc-genomicfeatures (>= 1.49.6)

  GNU R-værktøjer til at lave og manipulere transcript centric-annotationer

• dep: r-bioc-genomicranges (>= 1.31.18)

  BioConductor-repræsentation og manipulation af genomiske intervaller

• dep: r-bioc-iranges (>= 2.13.24)

  GNU R - containere på lavt niveau til at lagre sæt af heltalsintervaller

• dep: r-bioc-protgenerics

  S4-generiske funktioner for Bioconductor proteomics-infrastruktur

• dep: r-bioc-rsamtools

  GNU R-binær sammenligning (BAM), variantkald (BCF) eller tabix-filimport

• dep: r-bioc-rtracklayer

  GNU R-grænseflade til genombrowsere og deres annotationsspor

• dep: r-bioc-s4vectors (>= 0.23.10)

  BioConductor S4-implementering af vektorer og lister

• dep: r-cran-curl

  GNU R modern and flexible web client for R

• dep: r-cran-dbi

  GNU R-pakke der tilbyder en generisk databasegrænseflade

• dep: r-cran-rsqlite (>= 1.1)

  Database Interface R-driver for SQLite

• sug: r-bioc-annotationhub

  GNU R-klient til at tilgå AnnotationHub-ressourcer

• sug: r-bioc-biocstyle

  Standardstile for vignettes og andre Biocunductor-dokumenter

• sug: r-bioc-ggbio (>= 1.24.0)

  Visualization tools for genomic data

• sug: r-bioc-gviz (>= 1.20.0)

  Plot data og annotationsinformation langs genomiske koordinater

• sug: r-cran-knitr

  GNU R-pakke for dynamisk rapportoprettelse via Literate Programming

• sug: r-cran-rmarkdown

  convert R markdown documents into a variety of formats

• sug: r-cran-testthat

  GNU R-testpakke

Download r-bioc-ensembldb

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
all	1,473.8 kB	2,342.0 kB	[list of files]