Source Package: bcbio (1.2.9-3)
[contrib]
Links for bcbio
Debian Resources:
Maintainers:
External Resources:
The following binary packages are built from this source package:
- bcbio
- toolkit for analysing high-throughput sequencing data
- python3-bcbio
- library for analysing high-throughput sequencing data
Other Packages Related to bcbio
-
- adep:
debhelper-compat
(= 13)
- Package not available
-
- adep:
dh-sequence-python3
- virtual package provided by
dh-python
-
- adep:
python3-all
- Pakke som afhænger af alle understøttede kørselstidsversioner af Python 3
-
- adep:
python3-setuptools
- Python3 Distutils Enhancements
-
- adep:
python3-gffutils
- Arbejd med GFF- og GTF-filer i en fleksibel databaseramme
-
- adep:
python3-mock
- Mocking og testbibliotek - Python 3-version
-
- adep:
python3-pandas
- Datastrukturer for »relationelle« data eller »etiketdata«
-
- adep:
python3-pybedtools
- Python 3-omslag omkring BEDTools for bioinformatikarbejde
-
- adep:
python3-pysam
- Grænseflade for SAM/BAM-sekvenssammenligning og oversættelsesformatet - Python 3
-
- adep:
python3-toolz
- List processing tools and functional utilities
-
- adep:
python3-tornado
- Skalerbar, ikkeblokkerende internetserver og værktøjer - Python 3
-
- adep:
python3-yaml
- YAML-fortolker og udleder for Python 3
-
- adep:
python3-scipy
- Videnskabelige værktøjer for Python 3
-
- adep:
python3-psutil
- Modul der tilbyder nemme funktioner til at håndtere processer - Python 3
-
- adep:
python3-joblib
- tools to provide lightweight pipelining in Python
-
- adep:
atropos
- NGS-læseoprydningsværktøj som er specifik, sensitiv og hurtig
-
- adep:
bcftools
- Genomisk variantkald og manipulering af VCF/BCF-filer
-
- adep:
bedtools
- Programpakke med redskaber for sammenligning af arvemassefunktioner
-
- adep:
biobambam2
- Værktøjer for tidlig trin behandling af sammenligningsfil
-
- adep:
bowtie2
- Ultrahurtig og hukommelseseffektiv short read-sammenligner
-
- adep:
bwa
- Burrows-Wheeler Aligner (sekvenssammenligner)
-
- adep:
cnvkit
- Kopier nummervariantregistrering fra målrettet DNA-sekventering
-
- adep:
fastqc
- Kvalitetskontrol for høj gennemløb af sekvensdata
-
- adep:
freebayes
- Bayesian haplotype-baseret polymorfiregistrering og genotypebestemmelse
-
- adep:
gffread
- GFF/GTF-formatkonverteringer, regionsfiltrering, FASTA-sekvensudtræk
-
- adep:
grabix
- Wee-værktøj for vilkårlig adgang i BGZF-filer
-
- adep:
gsort
- Sorter genomiske data
-
- adep:
hisat2
- Grafbaseret sammenligning af korte nukleoide læsninger for mange genomer
-
- adep:
libfreetype6
- FreeType 2-skriftmotor - delte biblioteksfiler
-
- adep:
lumpy-sv
- Generel sandsynlighedsramme for strukturel variantregistrering
-
- adep:
mosdepth
- BAM/CRAM depth calculation biological sequencing
-
- adep:
multiqc
- Vis integration for RNS-sekventering på tværs af værktøjer og prøver
-
- adep:
perl
- Larry Walls praktiske uddragnings- og rapportsprog (Perl)
-
- adep:
libpicard-java
- Java library to manipulate SAM and BAM files
-
- adep:
libvcflib-tools
- C++-bibliotek til at fortolke og manipulere VCF-filer - værktøjer
-
- adep:
picard-tools
- Kommandolinjeværktøjer til at manipulere SAM- og BAM-filer
-
- adep:
python3-biopython
- Python 3-bibliotek for bioinformatik
-
- adep:
python3-cyvcf2
- VCF-fortolker baseret på htslib - Python 3
-
- adep:
python3-geneimpacts
- Omslutter kommandolinjeværktøjer for at tilgå varianter i gensekvenser
-
- adep:
python3-logbook
- Logsystem for Python som erstatter standardbibliotekets modul - Python 3
-
- adep:
python3-requests
- Elegant og simpelt HTTP-bibliotek for Python3, bygget for mennesker
-
- adep:
python3-pytest
- Simpel, funktionsrig testning i Python 3
-
- adep:
python3-pytest-mock
- Thin wrapper around mock for easier use with pytest (Python 3 module)
-
- adep:
pythonpy
- 'python -c', with tab completion and shorthand
-
- adep:
rapmap
- Hurtig sensitiv og præcis DNA-læsningsoversættelse via quasi-mapping
-
- adep:
rna-star
- Ultrahurtig univerel RNA-seq-sammenligningsprogram
-
- adep:
r-base-core
- GNU R-kerne af statistisk beregning og grafiksystem
-
- adep:
r-bioc-htsfilter
- GNU R-filter replikeret høj-gennemløb transkriptom sekventeringsdata
-
- adep:
r-bioc-degreport
- BioConductor - rapport over DEG-analyser
-
- adep:
r-bioc-purecn
- Kopier nummerkald og SNV-klassifikation via målrettet kort læsningssekventering
-
- adep:
r-bioc-summarizedexperiment
- BioConductor - assay-container
-
- adep:
r-cran-tidyverse
- Easily Install and Load the 'Tidyverse'
-
- adep:
r-bioc-titancna
- Subklonalt kopiantal og LOH-forudsigelse fra helgenomsekventering
-
- adep:
r-bioc-tximport
- Estimater på transkriptniveau for biologisk sekventering
-
- adep:
r-other-wasabi
- Forbered Sailfish- og Salmon-resultater for lokal analyse via GNU R
-
- adep:
salmon
- Wicked-hurtig transskriptkvantificering fra RNA-seq-data
-
- adep:
samblaster
- Markerer dubletter, udtrækker discordant/split-læsninger
-
- adep:
samtools
- Forarbejdning af sekvensopstillinger i SAM-, BAM- og CRAM-formater
-
- adep:
seqan-apps
- C++-bibliotek for analyse af biologiske sekvenser
-
- adep:
seqtk
- Hurtigt letvægtsværktøj til behandling af sekvenser i formaterne FASTA eller FASTQ
-
- adep:
snpeff
- Genetisk variantannotation og effektforudsigelsesværktøjskasse - værktøj
-
- adep:
subread
- Værktøjssæt til at behandle næstegen. sekvensdata
-
- adep:
tabix
- Generisk indeksprogram for TAB-afgrænsede arvemassepositionsfiler
-
- adep:
tophat-recondition
- Efterbrænder for TopHat-uoversatte læsninger
-
- adep:
umis
- Værktøjer til at behandle UMI RNA-mærkedata
-
- adep:
vcfanno
- Kommenter en VCF med andre VCF'er/BED'er/tabixed-filer
-
- adep:
vt
- Værktøjssæt for kort variant-registrering i genetiske sekvensdata
-
- adep:
wham-align
- Wisconsin's High-Throughput Alignment Method
-
- adep:
xonsh
- Pythondrevet Unix-gazing skal for flere platforme
-
- adep:
libhts-dev
- Udviklingsfiler for HTSlib
-
- adep:
python3-sphinx
- Dokumentationsoprettelse for Pythonprojekter
