Package: transdecoder (5.7.1-2)

[ Source: transdecoder  ]

Find kodningsregioner i RNA-transkriptsekvenser

TransDecoder identificerer kandidatkodningsregioner i transkriptsekvenser, såsom dem oprettet af de novo RNA-Seq-transkriptsamlingen der bruger Trinity, eller konstrueret baseret på RNA-Seq-sammenligninger til genomet der bruger Tophat og Cufflinks.

TransDecoder identificerer sandsynlige kodningssekvenser baseret på følgende kriterier:

 * en minimal længde »open reading frame« (ORF) findes i en transkriptkø
 * en log-likelihood bedømmelse svarende til hvad der beregnes af GeneID-
   programmet er > 0
 * den ovenstående kodebedømmelse er størst når ORF'en bedømmes i den
   første læseramme sammenlignet med bedømmelser i de andre fem læserammer
 * hvis en kandidat-ORF findes fuldt indkapslet af koordinaterne for
   en anden kandidat-ORF, så bliver den længste rapporteret. Dog kan en
   enkel transkript rapportere flere ORF'er (hvilket giver mulighed for
   operoner, chimeraer etc.)
 * valgfrit har den formodede peptid et match til et Pfam-domæne over
   støjafskæringsbedømmelsen

Other Packages Related to transdecoder

• dep: liburi-perl

  modul til at manipulere og tilgå URI-strenge

• dep: perl

  Larry Walls praktiske uddragnings- og rapportsprog (Perl)

• dep: python3

  Interaktivt objektorienteret højniveausprog - standardversion af Python 3

• dep: r-base-core

  GNU R-kerne af statistisk beregning og grafiksystem

• rec: hmmer

  Profilskjulte Markov-modeller for proteinsekvensanalyse

• rec: r-bioc-seqlogo

  GNU R-sekvensloggoer for DNA-sekvenssammenligninger

• rec: r-cran-ggplot2

  Implementering af Grammar of Graphics

• sug: transdecoder-doc

  Find kodningsregioner i RNA-transkriptsekvenser - dok.

Download transdecoder

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
all	200.5 kB	666.0 kB	[list of files]