Hurtig og præcis sammenligning og sekvensklynger
Med udviklingen af den næste generation af sekventering skal effektive
værktøjer håndterer millioner af sekvenser på en fornuftig tid. Sumatra er
et program udviklet af LECA. Sumatra forsøger at sammenligne sekvenser på
en måde som er hurtig og præcis på samme tid. Dette værktøj er blevet
udviklet som en tilpasning til den type af data som oprettes af
DNA-metastregkodere, dvs. fuldt ud sekventeret, korte markører. Sumatra
beregner de parvis sammenligningsbedømmelser fra et datasæt eller mellem to
datasæt, med mulighed for at angive en lighedstærskel hvorefter sekvenspar
som har en lavere lighed ikke rapporteres. Uddata kan gå igennem en
klassifikationsproces med programmer såsom MCL eller MOTHUR.
