Package: python3-pairtools (1.1.2-1) [debports]

[ Source:  ]

Ramme til at behandle sekventeringsdata fra et Hi-C-eksperiment

Simpel og hurtig kommandolinjeramme til at behandle sekventeringsdata fra et Hi-C-eksperiment.

Behandl pair-end sekvenssammenligninger og udfør de følgende operationer:

 - Registrer ligationsforbindelser (a.k.a. Hi-C-par) i sammenlignet
   paired-end-sekvenser af Hi-C DNA-molekyler
 - Sorter .pairs-filer til analyse lokalt
 - Registrer, mærk og fjern PCR/optiske dubletter
 - Opret omfattende statistik over Hi-C-datasæt
 - Vælg Hi-C-par givet fleksibelt definerede kriterier
 - Gendan .sam-sammenligninger fra Hi-C-par

Other Packages Related to python3-pairtools

• dep: libc6 (>= 2.40)

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

  GCC støttebibliotek

• dep: libstdc++6 (>= 11)

  GNU Standard C++ bibliotek v3

• dep: python3

  Interaktivt objektorienteret højniveausprog - standardversion af Python 3

  dep: python3 (<< 3.14)

  dep: python3 (>= 3.12~)

• dep: python3-bioframe

  library to enable flexible, scalable operations on genomic interval dataframes

• dep: python3-click

  Oprettelsessæt for kommandolinjegrænsefladen - Python 3.x

• dep: python3-numpy (>= 1:1.25.0)

  Pythonbibliotek til numeriske beregninger - Python 3

• dep: python3-numpy-abi9

  virtual package provided by python3-numpy

• dep: python3-pandas

  Datastrukturer for »relationelle« data eller »etiketdata«

• dep: python3-pysam (>= 0.20.0+ds-3~)

  Grænseflade for SAM/BAM-sekvenssammenligning og oversættelsesformatet - Python 3

• dep: python3-scipy

  Videnskabelige værktøjer for Python 3

• dep: python3-standard-pipes

  Pipes Pythonstandardbibliotek - Python 3

• dep: python3-yaml

  YAML-fortolker og udleder for Python 3

• sug: python3-pairtools-examples (>= 1.0.2)

  Process sequencing data from a Hi-C experiment (examples)

Download python3-pairtools

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
sh4 (unofficial port)	279.6 kB	1,312.0 kB	[list of files]