Package: apbs (3.4.1-6) [debports]

[ Source:  ]

Tilpasse Poisson-Boltzmann-problemløser

APBS er et en programpakke til numerisk problemløsning af Poisson- Boltzmann-ligningen, én af de mest populære kontinuum-modeller til beskrivelse af elektrostatisk interaktion mellem molekylære opløsninger i salte, vandholdige medier. Elektrostatisk kontinuum spiller en vigtig rolle i forskellige områder inden for biomolekylær simulering, inklusive:

 * simulering af diffusionsprocesser til fastlæggelse af kinetiske
   ligang-protein- og protein-protein-bindinger,
 * implicit opløsning af biomolekyler i molekylær dynamik,
 * energiberegninger i hydrater og bindinger til fastlæggelse af
   ligevægt mellem ligand-protein- og protein-protein-bindingskonstanter,
   og til at fremme rationelt design af medicin,
 * og studier i biomolekylær titrering.

APBS blev designet for effektiv evaluering af elektrostatiske egenskaber for sådanne simuleringer inden for bred række af længdeskalaer for at muliggøre undersøgelsen af molekyler med bestående af ti til millionvise af atomer.

Denne pakke indeholder programmet apbs og redskaber.

Other Packages Related to apbs

• dep: apbs-data (= 3.4.1-6)

  Datafiler for APBS (Adaptive Poisson Boltzmann Solver)

• dep: libamd3 (>= 1:7.0.1)

  Approximate minimum degree ordering-bibliotek for tynde matricer

• dep: libapbs3t64 (= 3.4.1-6)

  Adaptive Poisson Boltzmann Solver

• dep: libarpack2t64 (>= 2.1)

  Fortran77-underrutiner til at løse egenværdiproblemer i stor skala

• dep: libblas3

  Grundlæggende reference-implementeringer til lineær algebra, delt bibliotek

  or libblas.so.3

  virtual package provided by libatlas3-base, libblas3, libblis4-openmp, libblis4-pthread, libblis4-serial, libopenblas0-openmp, libopenblas0-pthread, libopenblas0-serial

• dep: libc6 (>= 2.40)

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libcamd3 (>= 1:7.0.1)

  Symmetrisk omtrentligt minimumsbibliotek for tynde matricer

• dep: libccolamd3 (>= 1:7.0.1)

  constrained column approximate library for sparse matrices

• dep: libcholmod5 (>= 1:7.3.1)

  sparse Cholesky factorization library for sparse matrices

• dep: libcolamd3 (>= 1:7.0.1)

  Column approximate minimum degree ordering-bibliotek for tynde matricer

• dep: libfetk1.9t64 (>= 3.4.1)

  FETK libraries for APBS (shared libraries)

• dep: libgomp1 (>= 4.2.1)

  GCC OpenMP-understøttelsesbibliotek (GOMP)

• dep: libjs-mathjax

  JavaScript-visningsmotor for LaTeX og MathML

• dep: libmaloc1 (>= 0.2-1)

  Object-oriented Abstraction Layer for C

• dep: libmpich12

  Shared libraries for MPICH

• dep: libspqr4 (>= 1:7.8.3+dfsg)

  Sparse QR factorization-bibliotek

• dep: libstdc++6 (>= 4.1.1)

  GNU Standard C++ bibliotek v3

• dep: libsuitesparseconfig7 (>= 1:7.0.1)

  Konfigurationsrutiner for alle SuiteSparse-moduler

• dep: libsuperlu7 (>= 7.0.0+dfsg1)

  Direkte løsning for store, sparse (tynde) systemer af lineære ligninger

• dep: libumfpack6 (>= 1:7.0.1)

  Sparse LU-faktoriseringsbibliotek

Download apbs

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
sh4 (unofficial port)	86.2 kB	1,234.0 kB	[list of files]