Package: prokka (1.14.6+dfsg-6)

[ Source: prokka  ]

Hurtig annotaton af prokaryotiske genomer

Et typisk 4 Mbp-genom kan være fuldt annoteret på mindre end 10 minutter på en computer med fire kerner, og skalerer godt op til SMP-systemer med 32 kerner. Programmet laver GFF3-, GBK- og SQN-filer, der er klar til at redigere i Sequin og ultimativt indsendt til Genbank/DDJB/ENA.

Other Packages Related to prokka

• dep: aragorn

  tRNA- og tmRNA-detektion i nukleotide sekvenser

• dep: default-jre

  Standardjava eller Javakompatibel kørselstid

• dep: hmmer

  Profilskjulte Markov-modeller for proteinsekvensanalyse

• dep: infernal

  Logisk slutning for RNA-sekundære struktursammenligninger

• dep: less

  Et tekstvisningsprogram ligesom more

• dep: libbio-perl-perl

  BioPerl - grundlæggende Perlmoduler

• dep: libbio-searchio-hmmer-perl

  Perlfortolker for HMMER2- og HMMER3-uddata (hmmscan, hmmsearch, hmmpfam)

• dep: libswiss-perl

  Perl-API til UniProt-databasen

• dep: libxml-simple-perl

  Perlmodul for læsning og skrivning af XML

• dep: ncbi-blast+

  Næste generation programpakke for BLAST-sekvens søgeværktøjer

• dep: ncbi-tools-bin

  NCBI-biblioteker for biologiprogrammer - tekstbaserede redskaber

• dep: parallel

  Byg og afvikl kommandolinjer fra standardind parallelt

• dep: perl

  Larry Walls praktiske uddragnings- og rapportsprog (Perl)

• dep: prodigal

  Mikrobiel (bakteriel og archaeorganisme) genkonstateringsprogram

Download prokka

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
all	14,855.6 kB	106,501.0 kB	[list of files]