Package: maq (0.7.1-10)

[ Source: maq  ]

kortlægger korte, fast-længde, polymorfiske DNA-sekvenslæsninger til reference-sekvenser

Maq (forkortelse af »Mapping and Assembly with Quality«) bygger kortlagte montager fra korte læsninger genereret af næste generation inden for maskiner til sekvensering. Det blev særligt designet til »Illumina-Solexa 1G Genetic Analyzer«, og har indledende funktionalitet til at håndtere ABI SOLid-data. Maq var tidligere kendt som mapass2.

Udvikling af Maq stoppede i 2008. Dets efterfølger er BWA og SAMtools.

Tags: Field: Biology, Bioinformatics, Implemented in: implemented-in::c++, implemented-in::perl, User Interface: Command Line, Role: role::program, scope::utility, Purpose: Need an extra tag, Analysing, use::comparing, use::searching, Supports Format: Need an extra tag, works-with-format::plaintext, works-with::TODO

Other Packages Related to maq

• dep: libc6 (>= 2.38)

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libstdc++6 (>= 5)

  GNU Standard C++ bibliotek v3

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3)

  Komprimeringsbibliotek - kørselstid

• sug: bwa

  Burrows-Wheeler Aligner (sekvenssammenligner)

• sug: samtools

  Forarbejdning af sekvensopstillinger i SAM-, BAM- og CRAM-formater

Download maq

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
s390x	299.0 kB	557.0 kB	[list of files]