Package: rockhopper (2.0.3+dfsg2-4)

[ Source: rockhopper  ]

System til at analysere bakterielle RNA-seq-data

Rockhopper er et omfattende og brugervenligt system for beregningsmæssig analyse af bakterielle RNA-seq-data. Rockhopper bruger RNA-sekventeringslæsninger fra sekventeringsteknologi med høj gennemløb (FASTQ, QSEQ, FASTA, SAM eller BAM). Rockhopper understøtter de følgende opgaver.

 * Referencebaseret transkriptsamling (når en eller flere referencegenomer
   er tilgængelige)
   - sammenligning læsninger med genomer
   - samling af transkripter
   - identifikation af transkriptgrænser og starttranskripter såsom små
     RNA'er
 * De nove-transkriptsamling (når referencegenomer er utilgængelige)
 * Normalisering af data fra forskellige eksperimenter
 * Kvantificering af transkriptoverflod
 * Test af differentielt genudtryk
 * Karakterisering af operon-strukturer
 * Visualisering af resultater i en genombrowser

Other Packages Related to rockhopper

• dep: default-jre

  Standardjava eller Javakompatibel kørselstid

• dep: igv

  Integrative Genomics Viewer

Download rockhopper

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
all	585.3 kB	653.0 kB	[list of files]