Package: q2-dada2 (2024.5.0-1)

[ Source: q2-dada2  ]

QIIME 2-udvidelsesmodul for arbejdet med adaptere i sekvensdata

QIIME 2 er en funktionsrig og decentraliseret mikrobiome analysepakke med fokus på data og analysegennemsigtighed. QIME 2 gør det muligt for forskere at starte en analyse med rå DNA-sekvensdata og afslutte med figurer og statistiske resultater i udgivelseskvalitet. Nøglefunktioner:

 * Integreret og automatisk registrering af dataherkomst
 * Semantisk typesystem
 * Udvidelsesmodulsystem for udvidelse af mikrobiome analysefunktionalitet
 * Understøttelse for flere typer af brugerflader (f.eks. API,
   kommandolinjen, grafisk)

QIIME 2 er et fuldstændigt nyt design og omskrivning af QIIME 1 mikrobiome analysedatakanalen. QIIME 2 vil adressere mange af begrænsningerne i QIIME 1, men de funktioner der gør QIIME 1 til en funktionsrig og bredt anvendt analysedatakanal bevares.

QIIME 2 understøtter i øjeblikket en oprindelig start til slut-mikrobiome analysedatakanal. Ny funktionalitet vil blive tilgængelig via QIIME 2-udvidelsesmoduler. Du kan se en liste over tilgængelige udvidelsesmoduler på QIIME 2's side over udvidelsesmoduler. »future«-siden viser udvidelsesmoduler under udvikling.

Denne pakke omslutter R-pakken dada2 i BioConductor for modellering og rettelse af Illumina-sekventerede ampliconfejl. Dette blev vist for at forbedre følsomheden i diversitetanalyser.

Other Packages Related to q2-dada2

• dep: python3

  Interaktivt objektorienteret højniveausprog - standardversion af Python 3

• dep: python3-biom-format

  Biological Observation Matrix-format (BIOM) - Python 3

• dep: python3-skbio

  Python3-datastrukturer, algoritmer, undervisningsressourcer for bioinformatik

• dep: q2-types (>= 2024.5)

  QIIME 2-udvidelsesmodul der definerer typer for mikrobiom analyse

• dep: qiime (>= 2024.5)

  Kvantitativ indsigt i mikrobiel økologi

• dep: r-base-core

  GNU R-kerne af statistisk beregning og grafiksystem

• dep: r-bioc-dada2 (>= 1.24.0+dfsg-2~)

  Prøveslutning fra amplicon-sekventeringsdata

• dep: r-cran-optparse

  GNU/R-fortolker for kommandolinjetilvalg

Download q2-dada2

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
amd64	1,771.9 kB	2,289.0 kB	[list of files]