Package: tnseq-transit (3.3.4-1) [debports]

[ Source:  ]

Statistiske beregninger af væsentlighed for gener eller genomregioner

Dette er et program, som kan bruges til at analysere Tn-Seq-datasæt. Det inkluderer diverse statistiske beregninger af væsentlighed for gener eller genomregioner (inklusive betinget væsentlighed mellem to betingelser). Disse metoder blev udviklet og testet i et samarbejde mellem Sassetti lab (UMass) og Ioerger lab (Texas A&M).

TRANSIT kan analysere TnSeq-biblioteker konstrueret med Himarl- eller Tn5-datasæt.

TRANSIT antager, at du allerede har udført forbrænding af rå sekvensfiler (.fastq) og udtrukket læs-antal i en .wig-formateret fil. .wig-filen skal indeholde antallet på alle sider, hvor en indsættelse kan udføres (inklusive sider uden nogen læsninger). For himarl-datasæt er det alle TA-sider i genomet. For Tn5-datasæt vil det være alle nukleotider i genomet.

Other Packages Related to tnseq-transit

• dep: bwa

  Burrows-Wheeler Aligner (sekvenssammenligner)

• dep: python3

  Interaktivt objektorienteret højniveausprog - standardversion af Python 3

• dep: python3-matplotlib

  Pythonbaseret plotsystem i en stil der ligner Matlab

• dep: python3-numpy

  Hurtig tabelfacilitet til Python 3-sproget

• dep: python3-pil

  Python Imaging Library - Python3

• dep: python3-pkg-resources

  Pakkesøgning og ressourceadgang med brug af pkg_resources

• dep: python3-pubsub

  Python 3 publish-subscribe-bibliotek

• dep: python3-scipy

  Videnskabelige værktøjer for Python 3

• dep: python3-sklearn

  Pythonmoduler for maskinlæring og dataundersøgelse - Python 3

• dep: python3-statsmodels

  Python 3-modul for estimering af statistiske modeller

• dep: python3-wxgtk4.0

  Python 3-grænseflade til wxWidgets Cross-platform - C++ GUI-værktøjssæt

Download tnseq-transit

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
ppc64 (unofficial port)	29,212.4 kB	163,131.0 kB	[list of files]