Package: pyfastx (2.1.0-3) [debports]

[ Source:  ]

Hurtig vilkårlig adgang til sekvenser fra FASTA/Q-fil - kommando

Pyfastx er en simpel Python C-udvidelse, der gør det muligt for brugere vilkårligt at tilgå sekvenser fra rene og gzippede FASTA/Q-filer. Dette modul forsøger at tilbyde simple API'er for brugere til at udtrække sekvens fra FAST og læsninger fra FASTQ efter identifikator og indeksnummer. Pyfastx vil bygge indeks lagret i en sqlite3-databasefil for vilkårlig adgang for at undgå forbrug af en omfattende mængde af hukommelse. Derudover kan pyfastx fortolke standardformatet (sekvens spredes ud over flere linjer med den samme længde) og FASTA-formatet uden for standard (sekvens spredes ud på en eller flere linjer med forskellig længde)

Indeholder:

 * en enkel fil for Pythonudvidelsen
 * simpel, hukommelseseffektiv FASTA/Q-filfortolkning
 * hurtig vilkårlig adgang til sekvenser fra gzippede FASTA/Q-fil
 * sekvenslæsning fra FASTA-fil linje efter linje
 * N50- og L50-beregning for sekvenser i FASTA-fil
 * GC-indhold og nukleotiders kompositionsudtrækning
 * glimrende kompatibilitet: understøttelse for fortolkning af FASTA-fil
   uden for standarden
 * understøttelse for konvertering af FASTA-kvalitetsbedømmelse
 * en kommandolinjegrænseflade for opdeling af FASTA/Q-fil

Denne pakke tilbyder brugerfladen for kommandolinjen.

Other Packages Related to pyfastx

• dep: python3

  Interaktivt objektorienteret højniveausprog - standardversion af Python 3

• dep: python3-pyfastx

  Hurtig vilkårlig adgang til sekvenser fra FASTA/Q-fil - Python 3-modul

Download pyfastx

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
ppc64 (unofficial port)	124.5 kB	171.0 kB	[list of files]