all options
buster  ] [  bullseye  ] [  bookworm  ] [  trixie  ] [  sid  ]
[ Source: microbiomeutil  ]

Package: wigeon (20101212+dfsg1-6)

Links for wigeon

Screenshot

Debian Resources:

Download Source Package microbiomeutil:

Maintainers:

External Resources:

Similar packages:

Ny implementering af Pintail 16S-detektionsredskabet for DNA-anamolier

WigeoN undersøger sekvensbevarelse mellem en forespørgsel og en troværdig referencesekvens, begge i NAST-sammenligningsformat. Baseret på sekvensidentiteten mellem forespørgslen og referencesekvensen, er der en forventet mængde af variation blandt sammenligningen. Hvis den observerede variation er større end 95 %-kvartilen for distributionen af variation observeret mellem sekvenser der ikke er unormale, så registreres det som en anomali.

WigeoN er en ny implementering af den fleksible kommandolinjebaserede Pintail-algoritme Appl Environ. Microbiol. 2005 Dec;7112:7724-36.

WigeoN er kun nyttig til registrering af kimærer og anomalier i næsten fuldlængde 16S rRNA-sekvenser. WigeoN mangler sensitivitet med sekvenser mindre end 1.000 bp.

For at afvikle WigeoN skal du bruge NAST-formaterede sekvenser oprettet af redskabet nast-ier.

WigeoN er en del af programpakken microbiomeutil.

Other Packages Related to wigeon

  • depends
  • recommends
  • suggests
  • enhances

Download wigeon

Download for all available architectures
Architecture Package Size Installed Size Files
all 27.9 kB167.0 kB [list of files]