all options
buster  ] [  bullseye  ] [  bookworm  ] [  trixie  ] [  sid  ]
[ Source: soapsnp  ]

Package: soapsnp (1.03-5)

Links for soapsnp

Screenshot

Debian Resources:

Download Source Package soapsnp:

Maintainers:

External Resources:

Similar packages:

Resekvensredskab der kan samle genomkonsensussekvenser

For at få ideer om årsagen til sygdomme eller deres reaktion på terapi og for at forstå en af disse for en bestemt patient, er læger over hele kloden begyndt at se på gener eller et helt genom og hvordan denne sekvens er forskellig fra et sundt/godt fungerende individ.

SOAPsnp er medlem af SOAP (Short Oligonucleotide Analysis Package). Programmet er et resekvensredskab. Det samler konsensussekvensen for genomet for et sekvenseret individ baseret på sammenligningen af ​​de rå sekventeringslæsninger på en kendt reference. SNP'er kan derefter identificeres på konsensussekvensen gennem sammenligningen med referencen.

SOAPsnp bruger en metode baseret på Bayes-læresætning (den omvendte sandsynlighedsmodel) til at kalde konsensusgenotype ved omhyggeligt at overveje datakvaliteten, sammenligning og tilbagevendende eksperimentelle fejl. Alle disse slags oplysninger blev integreret i en enkelt kvalitetsbedømmelse for hver base i PHRED-skalaen for at måle nøjagtigheden af ​​konsensusopkald. I øjeblikket understøtter programmet sammenligningsformatet for SOAPaligner (soap2).

Other Packages Related to soapsnp

  • depends
  • recommends
  • suggests
  • enhances

Download soapsnp

Download for all available architectures
Architecture Package Size Installed Size Files
mips64el 49.3 kB149.0 kB [list of files]