Package: soapsnp (1.03-5)

[ Source: soapsnp  ]

Resekvensredskab der kan samle genomkonsensussekvenser

For at få ideer om årsagen til sygdomme eller deres reaktion på terapi og for at forstå en af disse for en bestemt patient, er læger over hele kloden begyndt at se på gener eller et helt genom og hvordan denne sekvens er forskellig fra et sundt/godt fungerende individ.

SOAPsnp er medlem af SOAP (Short Oligonucleotide Analysis Package). Programmet er et resekvensredskab. Det samler konsensussekvensen for genomet for et sekvenseret individ baseret på sammenligningen af ​​de rå sekventeringslæsninger på en kendt reference. SNP'er kan derefter identificeres på konsensussekvensen gennem sammenligningen med referencen.

SOAPsnp bruger en metode baseret på Bayes-læresætning (den omvendte sandsynlighedsmodel) til at kalde konsensusgenotype ved omhyggeligt at overveje datakvaliteten, sammenligning og tilbagevendende eksperimentelle fejl. Alle disse slags oplysninger blev integreret i en enkelt kvalitetsbedømmelse for hver base i PHRED-skalaen for at måle nøjagtigheden af ​​konsensusopkald. I øjeblikket understøtter programmet sammenligningsformatet for SOAPaligner (soap2).

Other Packages Related to soapsnp

• dep: libc6 (>= 2.34)

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

  GCC støttebibliotek

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  GNU Standard C++ bibliotek v3

• sug: genomics.cn-soapsnp

  Package not available

Download soapsnp

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
mips64el	49.3 kB	149.0 kB	[list of files]