Package: jellyfish (2.3.1-4)
Links for jellyfish
Debian Resources:
Download Source Package jellyfish:
Maintainers:
- Debian Med Packaging Team (QA Page, Mail Archive)
- Shaun Jackman (QA Page)
- Andreas Tille (QA Page)
- Michael R. Crusoe (QA Page)
- Étienne Mollier (QA Page)
External Resources:
- Homepage [www.genome.umd.edu]
Similar packages:
Tæl k-mers i DNA-sekvenser
JELLYFISH er et værktøj for hurtig, hukommelseseffektiv optælling af k-mers i DNA. En k-mer er en understreng med længden k, og optælling af forekomsterne af alle sådanne understrenge er et centralt trin i mange analyser af DNA-sekvenser. JELLYFISH kan optælle k-mers via en i størrelsesorden mindre brug af hukommelse og via en i størrelsesorden større hurtighed end andre k-mer optællingspakker ved at bruge en effektiv kodning af en hashtabel og ved at udnytte cpu-instruktionen »compare-and- swap« til at øge parallelisme.
JELLYFISH er et program for kommandolinjen, som læser FASTA- og multi- FASTA-filer indeholdende DNA-sekvenser. Den fremstiller sin k-mer- optælling i et binært format, som kan oversættes til et læsevenligt tekstformat via kommandoen »jellyfish dump«.
Other Packages Related to jellyfish
|
|
|
|
-
- dep: libc6 (>= 2.38)
- GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
also a virtual package provided by libc6-udeb
-
- dep: libgcc-s1 (>= 3.0)
- GCC støttebibliotek
-
- dep: libhts3t64 (>= 1.17)
- C-bibliotek for høj-gennemløb sekvensdataformater
-
- dep: libjellyfish-2.0-2 (= 2.3.1-4)
- Tæl k-mers i DNA-sekvenser - dynamisk bibliotek for jellyfish
-
- dep: libstdc++6 (>= 14)
- GNU Standard C++ bibliotek v3
Download jellyfish
| Architecture | Package Size | Installed Size | Files |
|---|---|---|---|
| mips64el | 665.6 kB | 3,081.0 kB | [list of files] |