Package: glam2 (1064-9) [debports]

[ Source:  ]

Proteinmotiver med afstand fra ikke-justerede sekvenser

GLAM2 er en programpakke til at finde motiver i sekvenser, typisk amino- syre eller nukleotidsekvenser. Et motiv er et tilbagevendende sekvensmønster: typiske eksempler er TAT-boksen og CAAX prenylation- motivet. Den primære nyskabelse i GLAM2 er, at den tillader at indsætte og slette i motiver.

Denne pakke inkluderer programmer for registrering af motiver delt af et sæt af sekvenser og finde match til disse motiver i en sekvensdatabase samt redskaber for konvertering af galm2-motiver til standardjusteringsformater, maskerende glam2-motiver ud af sekvensen, så svagere motiver kan findes, og fjerne meget ens medlemmer i et sæt af sekvenser.

Pakken inkluderer disse programmer:

 glam2:       finder motiver som deles af et sæt af sekvenser;
 glam2scan:   finder match - fra en sekvensdatabase - for motiver opdaget
              af glam2;
 glam2format: konverterer glam2-motiver til standardjusterede formater;
 glam2mask:   maskerer glam2-motiver ud af sekvenser, så svagere motiver
              kan findes;
 glam2-purge: fjerner medlemmer med stor lighed fra et sæt af sekvenser.

I denne binære pakke blev den hurtige Fourier-algoritme (FFT) aktiveret for glam2.

Other Packages Related to glam2

• dep: libc6 (>= 2.29)

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libfftw3-double3 (>= 3.3.5)

  Bibliotek for beregning af Fast Fourier Transforms - dobbelt præcision

Download glam2

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
m68k (unofficial port)	214.9 kB	454.0 kB	[list of files]