Package: libjellyfish-perl (2.3.0-12) [debports]

[ Source:  ]

Tæl k-mers i DNA-sekvenser - Perlbindinger for jellyfish

JELLYFISH er et værktøj for hurtig, hukommelseseffektiv optælling af k-mers i DNA. En k-mer er en understreng med længden k, og optælling af forekomsterne af alle sådanne understrenge er et centralt trin i mange analyser af DNA-sekvenser. JELLYFISH kan optælle k-mers via en i størrelsesorden mindre brug af hukommelse og via en i størrelsesorden større hurtighed end andre k-mer optællingspakker ved at bruge en effektiv kodning af en hashtabel og ved at udnytte cpu-instruktionen »compare-and- swap« til at øge parallelisme.

JELLYFISH er et program for kommandolinjen, som læser FASTA- og multi- FASTA-filer indeholdende DNA-sekvenser. Den fremstiller sin k-mer- optælling i et binært format, som kan oversættes til et læsevenligt tekstformat via kommandoen »jellyfish dump«.

Denne pakke indeholder Perlbindinger for jellyfish.

Other Packages Related to libjellyfish-perl

• dep: libc6.1 (>= 2.31)

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6.1-udeb

• dep: libunwind8

  Bibliotek til at bestemme call-chain for et program - kørselstid

• dep: perl

  Larry Walls praktiske uddragnings- og rapportsprog (Perl)

• dep: perlapi-5.32.1

  Package not available

Download libjellyfish-perl

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
ia64 (unofficial port)	67.0 kB	299.0 kB	[list of files]