Package: stacks (2.68+dfsg-1)

[ Source: stacks  ]

Datakanal for bygning af loci fra kort-læs DNA-sekvenser

Stacks er en programdatakanal for bygning af loci (specifik placering af et gen) fra kort-læs sekvenser, såsom dem oprettet på platformen Illumina. Stacks blev udviklet for at fungere med begrænsning af enzymbaserede data, såsom RAD-seq, med det formål at bygge genetiske kort og udføre forskning indenfor befolkningsgener og fylogeografi.

Bemærk at denne pakke installerer Stacks på en måde der gør, at alle kommandoer skal køres som: $ stacks <kommandonavn> <parametre>

Other Packages Related to stacks

• dep: bsdextrautils

  Ekstra redskaber fra 4.4BSD-Lite

• dep: libc6 (>= 2.38)

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libdbi-perl

  databasegrænseflade til Perl (DBI)

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

  GCC støttebibliotek

• dep: libgomp1 (>= 6)

  GCC OpenMP-understøttelsesbibliotek (GOMP)

• dep: libhts3t64 (>= 1.17)

  C-bibliotek for høj-gennemløb sekvensdataformater

• dep: libstdc++6 (>= 14)

  GNU Standard C++ bibliotek v3

• dep: python3

  Interaktivt objektorienteret højniveausprog - standardversion af Python 3

• dep: samtools

  Forarbejdning af sekvensopstillinger i SAM-, BAM- og CRAM-formater

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.6)

  Komprimeringsbibliotek - kørselstid

• rec: libspreadsheet-writeexcel-perl

  module to create Excel spreadsheets

• rec: littler

  GNU R-brugerflade for skript og kommandolinje - overgangspakke
  also a virtual package provided by r-cran-littler

• sug: gdb

  Fejlsøgningsprogrammet GNU Debugger
  also a virtual package provided by gdb-minimal

Download stacks

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
i386	1,299.2 kB	6,437.0 kB	[list of files]