Package: python3-pyfastx (2.1.0-2)
Links for python3-pyfastx
Debian Resources:
Download Source Package pyfastx:
Maintainers:
External Resources:
- Homepage [github.com]
Similar packages:
Hurtig vilkårlig adgang til sekvenser fra FASTA/Q-fil - Python 3-modul
Pyfastx er en simpel Python C-udvidelse, der gør det muligt for brugere vilkårligt at tilgå sekvenser fra rene og gzippede FASTA/Q-filer. Dette modul forsøger at tilbyde simple API'er for brugere til at udtrække sekvens fra FAST og læsninger fra FASTQ efter identifikator og indeksnummer. Pyfastx vil bygge indeks lagret i en sqlite3-databasefil for vilkårlig adgang for at undgå forbrug af en omfattende mængde af hukommelse. Derudover kan pyfastx fortolke standardformatet (sekvens spredes ud over flere linjer med den samme længde) og FASTA-formatet uden for standard (sekvens spredes ud på en eller flere linjer med forskellig længde)
Indeholder:
* en enkel fil for Pythonudvidelsen * simpel, hukommelseseffektiv FASTA/Q-filfortolkning * hurtig vilkårlig adgang til sekvenser fra gzippede FASTA/Q-fil * sekvenslæsning fra FASTA-fil linje efter linje * N50- og L50-beregning for sekvenser i FASTA-fil * GC-indhold og nukleotiders kompositionsudtrækning * glimrende kompatibilitet: understøttelse for fortolkning af FASTA-fil uden for standarden * understøttelse for konvertering af FASTA-kvalitetsbedømmelse * en kommandolinjegrænseflade for opdeling af FASTA/Q-fil
Denne pakke tilbyder Python 3-modulet.
Other Packages Related to python3-pyfastx
|
|
|
|
-
- dep: libc6 (>= 2.28)
- GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
also a virtual package provided by libc6-udeb
-
- dep: libsqlite3-0 (>= 3.5.9)
- Delt bibliotek til SQLite 3
-
- dep: python3
- Interaktivt objektorienteret højniveausprog - standardversion af Python 3
-
- dep: python3-pyfaidx
- Effektiv vilkårlig adgang til fasta-undersekvenser for Python 3
Download python3-pyfastx
Architecture | Package Size | Installed Size | Files |
---|---|---|---|
i386 | 60.8 kB | 185.0 kB | [list of files] |