Package: berkeley-express-doc (1.5.3+dfsg-3)

[ Source: berkeley-express  ]

Dokumentation for RNS-Seq-værktøjet eXpress

Denne pakke tilbyder en PDF med dokumentationen for eXpress.

EXpress er et strømværktøj til kvantificering af mængderne af et sæt målrettet sekvenser fra stikprøveundersekvenser. Eksempler på programmer omfatter transkript-plan RNA-Seq-kvantificering, allele-specifik/haplotype udtryksanalyse (fra RNA-Seq), transskriptionsfaktorbindende kvantificering chip-Seq, og analyse af metagenomisk data. Det er baseret på en net-EM algoritme, der resulterer i rumkrav (hukommelse) proportionale med den samlede størrelse af målsekvenser og tidskrav, der er proportionale med antallet af stikprøvefragmenter. I programmer såsom RNA-Seq kan eXpress udtryk nøjagtigt kvantificere meget større prøver end andre aktuelt tilgængelige værktøjer, hvilket reducerer beregningskrav til infrastruktur. EXpress kan bruges til at opbygge lette sekventerende behandlingsdatakanaler med høj gennemløb, når kombineret med en strømudjævner (såsom Bowtie), da uddata kan ledes direkte ind i eXpress, hvilket effektivt fjerner behovet for at gemme læsningstilpasninger i hukommelsen eller på disken.

I en analyse af resultaterne af Express til RNA-Seq data, var det observeret, at denne effektivitet ikke kommer på en bekostning af præcision. EXpress er mere præcis end andre tilgængelige værktøjer, selv når begrænset til mindre datasæt, der ikke kræver en sådan effektivitet. Desuden, ligesom Cufflinks-programmet, kan udtrykket bruges til at estimere udskriftsmængderne i multi-isoform-gener. EXpress er også i stand til at løse flerkortlægninger af læsninger på tværs af genfamilier, og kræver ikke en henvisning til genomet således at det kan anvendes i forbindelse med de novo-montører såsom Trinity, Oaser eller Trans-afgrunden. Den underliggende model er baseret på tidligere beskrevne sandsynlighedsmodeller udviklet for RNA-Seq men kan anvendes til andre miljøer, hvor stikprøvemålsekvenserne, og indeholder parametre for længdefragmentdistributioner, fejl i læsninger, og sekvens-specifik fragmentbias.

EXpress kan bruges til at løse tvetydige tilknytninger i andre sekventeringsbaserede programmer med høj gennemløb. Det eneste, der kræves af inddata er at udtrykke et sæt af målsekvenser og et sæt af sekventerede fragmenter multiply-aligned for dem. Mens disse målsekvenser ofte vil være gen-isoformer, behøver de ikke at være det. Haplotyper kan anvendes som referencepriser for allele-specifik udtryksanalyse, bindende regioner for Chip-Seq, eller målgenomer i metagenomet-eksperimenter. EXpress er anvendelige i analyser, hvor der læses multi-kort til sekvenser, der afviger i stor grad.

Tags: Field: Biology, Bioinformatics, Made Of: made-of::pdf, role::documentation

Download berkeley-express-doc

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
all	689.2 kB	3,248.0 kB	[list of files]