Package: staden-common (2.0.0+b11-5)

[ Source: staden  ]

Arkitekturuafhængige filer for Staden

Staden er et fuldt udviklet sæt af DNA-sekvenssamling (Gap4 og Gap5), redigerings- og analyseværktøjer (Spin).

Gap4 udfører sekvenssamling, contig-ordning baseret på læste pardata, contig-sammenslutning baseret på sekvenssammenligninger, kontrol af samling, gentag-søgning, eksperimentforslag, læst par-analyse og contig-redigering. Programmet har grafisk visning af contigs, skabeloner, læsninger og sporinger som alle ruller i register. Contig- redigeringsprogramsøgninger og forslagsrutiner for eksperimenter bruger konfidensværdier til at beregne konfidensen for konsensussekvens og identificerer dermed kun steder der kræver visuel sporingsinspektion eller ekstra data. Resultatet er ekstrem hurtig afslutning og en konsensus om kendt præcision.

Pregap4 tilbyder en grafisk brugerflade til at opsætte behandlingen krævet for at forberede registreringsdata for samling eller analyse og automatiserer disse processer.

Trev er en hurtig og fleksibel fremviser og redigeringsprogram for ABI-, ALF-, SCF- og ZTR-sporingsfiler.

Prefinish analyserer delvise færdige sekvenssamlinger og foreslår det mest effektive sæt af eksperimenter til at hjælpe med at afslutte projektet.

Tracediff og hetscan kan automatisk lokalisere mutationer ved at sammenligne sporingsdata mod referencesporinger. De annoterer mutationerne fundet klar til visning i gap4.

Spin analyserer nukleotidsekvenser for at finde gener, begrænsningssider, motifs etc. Programmet kan udføre oversættelser, finde åbne læserammer, tælle codons etc. Mange resultater præsenteres grafisk og et glidende sekvensvindue er lænket til den grafiske markør. Spin sammenligner også sekvenspar på mange måder. Programmet har en meget hurtig punktmatrixanalyse, globale og lokale sammenligningsalgoritmer, samt et glidende sekvensvindue lænket til de grafiske plot. Programmet kan sammenligne nukleotidsyre mod nukleotidsyre, protein mod protein samt protein mod nukleotidsyre.

Denne pakke indeholder de af arkitekturen uafhængige datafiler og skripter, som følger med pakken Staden.

Other Packages Related to staden-common

• dep: tk8.6

  Tk-værktøjssæt for Tcl og X11, version 8.6 - vinduesskal

  or wish

  virtual package provided by tk

• rec: ksh

  Overgangspakke
  also a virtual package provided by ksh93u+m

  or zsh

  Skal med mange funktioner

Download staden-common

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
all	1,924.7 kB	6,096.0 kB	[list of files]