Package: vcfanno (0.3.5+ds-2 and others)

[ Source: vcfanno  ]

Kommenter en VCF med andre VCF'er/BED'er/tabixed-filer

Vcfanno gør, at du hurtigt kan kommentere din VCF med ethvert antal INFO-felter fra ethvert antal VCF'er eller BED-filer. Bruger en simpel konfigurationsfil, så brugeren kan angive kildekommenteringsfiler og felter og hvordan de vil blive tilføjet til infoen for forespørgelses-VCF'en.

 * For VCF hentes værdier efter navn fra INFO-feltet med specielle
   tilfælde for ID og FILTER til at hente fra disse VCF-kolonner
 * For BED hentes værdier fra (1-basede) kolonnenummer
 * For BAM, dybde (antal) er »mapq« og »seq« i øjeblikket understøttet

Vcfanno er skrevet i Go og det understøtter tilpassede brugerskripter skrevet i Lua. Programmet kan kommentere mere end 8.000 varianter per sekund med 34 kommenteringer fra 9 filer på en anstændig bærbar og over 30 tusinde varianter per sekund via 12 processer på en server.

Other Packages Related to vcfanno

• dep: libc6 (>= 2.34)

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

Download vcfanno

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
armel	0.3.5+ds-2+b3	2,150.3 kB	7,421.0 kB	[list of files]