Package: pirs (2.0.2+dfsg-12)

[ Source: pirs  ]

Profilbaseret Illumina-læsesimulator for pair-end

Programmet pIRS kan bruges til at simulere Illumina PE-læsninger, med en serie af tegn oprettet af Illumina-sekventeringsplatformen, såsom indsæt størrelsesdistribution, sekventeringsfejl (erstatning, indsættelse, sletning), kvalitetsbedømmelse og GC content-coverage-bias.

Indsæt-størrelsen følger en normal distribution, så brugere bør sætte middelværdien og standardafledningen. Normalt er standardafledningen sat som 1/20 af middelværdien. Normaldistributionen af Box-Muller-metoden er simuleret.

Programmet simulerer sekventeringsfejl, kvalitetsbedømmelse og GC content-coverage-bias jævnfør den empiriske distributionsprofil. Nogle standardprofiler talt fra en masse reelle sekventeringsdata tilbydes.

For at simulere læsninger fra diploid-genom bør brugere simulere diploid-genomsekvensen først ved at angive forholdet for heterozygosis SNP, heterozgyosis InDel og strukturvariation.

Other Packages Related to pirs

• dep: fonts-liberation

  Skrifttyper med samme måleenheder som Times, Arial og Courier

• dep: gnuplot-qt

  Kommandolinjedrevet interaktivt grafprogram - QT-pakke

  or gnuplot

  Kommandolinjedrevet interaktivt grafprogram
  also a virtual package provided by gnuplot-nox, gnuplot-qt, gnuplot-x11

• dep: libc6 (>= 2.34)

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.5)

  GCC støttebibliotek

• dep: libgomp1 (>= 4.9)

  GCC OpenMP-understøttelsesbibliotek (GOMP)

• dep: libgzstream0 (>= 1.5+dfsg)

  Tilbyd funktionalitet for zlib C-bibliotek i en C++-iostrøm

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  GNU Standard C++ bibliotek v3

• dep: pirs-profiles

  profile basd Illumina pair-end Reads Simulator (profile data)

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.0.2)

  Komprimeringsbibliotek - kørselstid

Download pirs

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
armel	102.8 kB	352.0 kB	[list of files]