Package: genomicsdb-tools (1.5.4-4)

[ Source: genomicsdb  ]

Rumligt tabellagerbibliotek for genomics - værktøjer

GenomicsDB er bygget oven på en htslib-forgrening og et internet tabellagersystem for import, forespørgsel og transformering af variantdata. Variantdata er rumlige af natur (rumlige til hele genomet) og brug af rumlige tabeldatalagre er en perfekt løsning for lagring af sådanne data.

GenomicsDB lagrer variantdata i en 2D-tabel hvor:

 - Hver kolonne svarer til en genomposition (kromosom + position)
 - Hver række svarer til en prøve i en VCF (eller CallSet i GA4GH-
   terminologi)
 - Hver celle indeholder data for en given prøve/CallSet på en given
   position; data er lagret i form af celleattributter
 - Celler er lagret  i kolonnerækkefølge - dette gør adgang til celler
   med det samme kolonneindeks (dvs. data for en given genomisk position
   over alle prøver) hurtig
 - Variantinterval/gVCF-intervaldata er lagret i en celle i begyndelsen af
   intervallet. END er lagret som en celleattribut. For variantintervaller
   (såsom sletninger og gVCF REF-blokke) bliver en yderligere celle lagret
   som END-værdien for variantintervallet. Når forespurgt om en given
   genomisk position, forespørgselsbiblioteket udfører en effektiv rydning
   for at bestemme alle intervaller, der har forbindelse med den
   forespurgte position.

Denne pakke indeholder nogle værktøjer, der kan afvikles som kørbare filer.

Other Packages Related to genomicsdb-tools

• dep: libc6 (>= 2.38)

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libfmt10 (>= 10.1.1+ds1)

  Hurtigt type-sikkert C++-formateringsbibliotek - bibliotek

• dep: libgcc-s1 (>= 3.5)

  GCC støttebibliotek

• dep: libgenomicsdb1 (= 1.5.4-4)

  Rumligt tabellagerbibliotek for genomics - delte biblioteker

• dep: libgomp1 (>= 4.9)

  GCC OpenMP-understøttelsesbibliotek (GOMP)

• dep: libmpich12

  Shared libraries for MPICH

• dep: libprotobuf32t64 (>= 3.21.12)

  Protokolbuffere - C++-bibliotek

• dep: libstdc++6 (>= 14)

  GNU Standard C++ bibliotek v3

• dep: libuuid1 (>= 2.16)

  Universelt unik id-bibliotek

Download genomicsdb-tools

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
armel	1,227.5 kB	10,708.0 kB	[list of files]