Package: exonerate (2.4.0-5 and others)

[ Source: exonerate  ]

generisk værktøj til parvis sekvenssammenligning

Exonerate tillader justering af sekvenser via en model med flere justeringer, der bruger enten udførlig dynamisk programmering eller en variation af heuristiker. De meste af funktionaliteten i den dynamsike Wiseprogrammeringspakke blev erstattet med C for bedre effektivitet. Exonerate er en tilhørende komponent i opbygningen af databaserne Ensembl genome, der tilbyder sammenligningsoversigter mellem RNA- og DNA-sekvenser og dermed afgør opdelingsvariationer og kodesekvenser generelt.

Et simulationssystem In-silico PCR Experiment (se manualsiden for ipcress) pakkes med exonerate.

Denne pakke kommer også med et udvalg af redskaber til udførelse af enkle og hurtige manipulationer på fasta-filer over 2 Gb.

Tags: Field: Biology, Bioinformatics, Implemented in: implemented-in::c, interface::commandline, Role: Program, Scope: Utility, Purpose: use::TODO, use::searching, Supports Format: Need an extra tag, works-with-format::plaintext, works-with::TODO

Other Packages Related to exonerate

• dep: libc6 (>= 2.34)

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libglib2.0-0t64 (>= 2.75.3)

  GLib-bibliotek for C-rutiner

• sug: wise

  Sammenligning af bioplymerer, såsom DNA- og protein-sekvenser

• enh: bioperl-run

  BioPerl-omslag: skripter

Download exonerate

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
armel	2.4.0-5+b1	1,541.5 kB	9,362.0 kB	[list of files]