Package: bbmap (39.09+dfsg-1)

[ Source: bbmap  ]

BBTools - genom-sammenligningsprogram og andre værktøjer for korte sekvenser

BBTools er en samling af små programmer til at løse gentagende opgaver for den kreative håndtering af korte biologiske RNA/DNA-sekvenser. Denne programpakke er måske bedste kendt for sin oversætter, som også er navnet på projektet på Sourceforge (mapper), men flere værktøjer er blevet tilføjet igennem tiden. Alle værktøjer kan bruge flere tråde og er implementeret uafhængig af platform i Java:

BBmap: Kort læsning-sammenligningsprogram for DNA og RNA-seq-data. Kan håndtere arbitrært store genomer med millioner af stilladser. Håndterer Illumina, PacBio, 454 og andre læsninger; meget høj sensitivitet og fejltolerant og utallige store indels.

BBNorm: Kmer-baseret fejlrettelse og normaliseringsprogram.

Dedupe: Forenkler samlinger ved at fjerne dubleter eller indeholdte undersekvenser, der deler en målprocentidentitet.

Reformat: Formaterer læsninger om mellem fasta/fastq/scarf/fasta+qual/sam,interleaved/parret og ASCII-33/64 med mere end 500 MB/s.

BBDuk: Filtrerer, trimmer eller maskerer læsninger med kmer-matchninger til en artefact/contaminant-fil.

Other Packages Related to bbmap

• dep: libmpj-java

  Javabibliotek for parallelle programmer for processorer med flere kerner og klynger

• dep: openjdk-17-jre-headless

  OpenJDK Java-kørselstid, bruger Hotspot JIT - uden skærm

  or java-runtime-headless

  virtual package provided by default-jre-headless, openjdk-11-jre-headless, openjdk-19-jre-headless, openjdk-20-jre-headless

• rec: pigz

  Parallel implementering af GZip

Download bbmap

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
all	9,996.2 kB	10,892.0 kB	[list of files]