Package: vg (1.59.0+ds-0.1)

[ Source: vg  ]

Værktøjer til arbejdet med genomvariationsgrafer

Datastrukturer for variationsgrafer, interchange-formater, sammenligning, genotyper og variantkaldemetoder.

Variationsgrafer tilbyder en kortfattet kodning af sekvenserne for mange genomer. En variationsgraf (specielt som implementeret i vg) består af:

 - knuder, der navngives efter sekvenser og id'er
 - kanter, der forbinde to knuder via en af deres respektive endelser
 - stier, beskriv genomer, sekvenssammenligninger og kommentarer (såsom
   genmodeller og transkripter) som gennemløb via knuder forbundet via
   kanter

Denne model svarer til et antal af sekvensgrafer, der er blevet brugt i samling af og flere sekvenssammenligninger. Stier tilbyder koordinatsystemer relativt til genomer kodet i grafen, hvilket gør at stabile oversættelser fremstilles selv hvis strukturen for grafen er ændret.

Other Packages Related to vg

• dep: libatomic1 (>= 4.8)

  Understøttelsesbibliotek der tilbyder __atomic indbyggede funktioner

• dep: libc6 (>= 2.38)

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libcairo2 (>= 1.2.4)

  Cairo 2D - vektorgrafikbibliotek

• dep: libdivsufsort3 (>= 2.0.1)

  Hurtig suffiks-tabelkonstruktion

• dep: libfastahack0 (>= 0.0+git20160702.bbc645f)

  Bibliotek for indeksering og sekvensudtrækning fra FASTA-filer - bibliotek

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

  GCC støttebibliotek

• dep: libgomp1 (>= 9)

  GCC OpenMP-understøttelsesbibliotek (GOMP)

• dep: libhts3t64 (>= 1.17)

  C-bibliotek for høj-gennemløb sekvensdataformater

• dep: libraptor2-0 (>= 2.0.15)

  Raptor 2 RDF-syntaksbibliotek

• dep: libstdc++6 (>= 14)

  GNU Standard C++ bibliotek v3

• dep: libtabixpp0t64 (>= 1.0.0)

  C++ wrapper to tabix indexer

• dep: libvcflib2 (>= 1.0.9+dfsg1)

  C++-bibliotek til at fortolke og manipulere VCF-filer

• dep: libzstd1 (>= 1.5.5)

  Hurtig komprimeringsalgoritme uden kvalitetstab

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.0.2)

  Komprimeringsbibliotek - kørselstid

Download vg

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
arm64	7,857.1 kB	29,903.0 kB	[list of files]