Package: tipp (1.0+dfsg-3)

[ Source: tipp  ]

Værktøj til taksonomisk identifikation og fylogenetisk profilering

TIPP er en ændring af SEPP for klassifikation af sætninger for forespørgsler (dvs. læsninger) via fylogenetisk erstatning.

TIPP indsætter hver læsning i et taksonomisk træ og bruger indsættelsesplaceringen til at identificere den taksonomiske afstamning for læsningen. Ideen bag TIPP er, at i stedet for at bruge den enkelte bedste sammenligning og placering for taksonomisk identifikation, så bruges en samling af sammenligninger og placeringer og der overvejes statistisk understøttelse for hver sammenligning og placering.

TIPP kan også bruges til estimering af udbredelse ved at beregne en udbredelsesprofil på læsningerne bundet til markørgener i et referencedatasæt.

Other Packages Related to tipp

• dep: default-jre

  Standardjava eller Javakompatibel kørselstid

• dep: libgoogle-gson-java

  Converts Java objects into their JSON representation

• dep: libjenkins-json-java

  Bibliotek for transformering af Javaobjekter mellem XML og JSON

• dep: libjson-java

  library for transforming Java objects and XML to JSON and back again

• dep: ncbi-blast+

  Næste generation programpakke for BLAST-sekvens søgeværktøjer

• dep: python3

  Interaktivt objektorienteret højniveausprog - standardversion af Python 3

• dep: python3-dendropy

  DendroPy Phylogenetic Computing Library - Python 3

• dep: sepp (>= 4.5.1+really4.5.1+dfsg-1~)

  Fylogeni med ensembler af Hidden Markov-modeller

Download tipp

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
arm64	127.5 kB	222.0 kB	[list of files]