Package: python3-sqt (0.8.0-8 and others)
Links for python3-sqt
Debian Resources:
Download Source Package python-sqt:
Maintainers:
External Resources:
- Homepage [bitbucket.org]
Similar packages:
SeQuencing-værktøjer for biologiske DNA/RNA-data med høj gennemløb
Sqt er en samling af kommandolinjeværktøjer til arbejdet med sekvensdata med høj gennemløb. Er i konceptet ikke låst til et bestemt sprog, mange sqt-underkommandoer er i øjeblikket implementeret i Python. For dem er en Pythonpakke tilgængelig med funktioner til at læse og skrive FASTA/FASTQ-filer, beregne sammenligninger, kvalitetstilpasning etc.
De følgende værktøjer tilbydes:
* sqt-coverage - beregn per reference-statistik såsom dækning og GC- indhold * sqt-fastqmod - FASTQ-ændringer: forkort, undersæt, omvendt komplement, kvalitetstilpasning * sqt-fastastats - beregn N50, min/maks længde, GC-indhold etc. for en FASTA-fil * sqt-qualityguess - gæt kvalitetskodning for en eller flere FASTA-filer * sqt-globalalign - beregn en global eller semiglobal sammenligning af to strenge * sqt-chars - tæl længden af det første ord på kommandolinjen * sqt-sam-cscq - tilføj CS- og CQ-mærker til en SAM-fil med farverumslæsninger * sqt-fastamutate - tilføj erstatninger og indels til sekvenser i en FASTA-fil * sqt-fastaextract - udtræk effektivt en eller flere regioner fra en indekseret FASTA-fil * sqt-translate - erstat tegn i FASTA-filer (som kommandoen »tr«) * sqt-sam-fixn - erstat alle ikke-ACGT-tegn i læsninger i en SAM-fil * sqt-sam-insertsize - gennemsnit og standard and standardafvigelse for paired-end insert-størrelser * sqt-sam-set-op - Set-operationer (union, intersection, ...) på SAM/BAM-filer * sqt-bam-eof - kontroller for End-Of-File-markeringen i komprimerede BAM-filer * sqt-checkfastqpe - kontroller om to FASTQ-filer indeholder korrekte parrede paired-end data.
Other Packages Related to python3-sqt
|
|
|
|
-
- dep: libc6 (>= 2.17)
- GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
also a virtual package provided by libc6-udeb
-
- dep: python3
- Interaktivt objektorienteret højniveausprog - standardversion af Python 3
- dep: python3 (<< 3.13)
- dep: python3 (>= 3.12~)
-
- dep: python3-cutadapt
- Rens biologiske sekvenser fra sekvenslæsninger med høj gennemløb - Python 3
-
- dep: python3-matplotlib
- Pythonbaseret plotsystem i en stil der ligner Matlab
-
- dep: python3-pysam
- Grænseflade for SAM/BAM-sekvenssammenligning og oversættelsesformatet - Python 3
-
- dep: python3-seaborn
- Statistisk visualiseringsbibliotek for Python 3
-
- dep: python3-xopen
- Python3 module to open compressed files transparently
-
- rec: fonts-noto-color-emoji
- Emoji-skriftype med farver fra Google
Download python3-sqt
Architecture | Version | Package Size | Installed Size | Files |
---|---|---|---|---|
arm64 | 0.8.0-8+b1 | 118.0 kB | 411.0 kB | [list of files] |