Package: minia (3.2.6-4 and others)

[ Source: minia  ]

Kort-læst biologisk sekvensamler

Hvad der blev omtalt som »næste-generations« DNA-sekventering op til året 2020 leverede kun »korte« læsninger op til ~600 basepar i længden, der så skulle samles over tilfældige overlapninger i deres sekvens mod et komplet genom. Dette er genomsamlingen. Og der er mange biologiske faldgruber på lange strækninger af regioner med lav kompleksitet og variationer i kopital og andre slags redundans, der gør dette vanskeligt.

Denne pakke tilbyder en kort-læst DNA-sekvenssamler baseret på en de Bruijn-graf, der kan samle et menneskegenom på en skrivebordscomputer på en dag.

Resultatet af Minia er et sæt af contig'er, dvs. strækninger af hulfrie og lineære overlapninger af korte læsninger. I bedst mulige tilfælde er dette et helt kromosom.

Minia fremstiller resultater med tilsvarende sammenhæng og præcision som andre de Bruijn-samlere (f.eks. Velvet).

Other Packages Related to minia

• dep: bc

  GNU bc beregningssprog med arbitrær præcision

• dep: libc6 (>= 2.34)

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libgatbcore3 (>= 1.4.2+dfsg)

  Dynamisk bibliotek for Genome Analysis Toolbox

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

  GCC støttebibliotek

• dep: libhdf5-310 (>= 1.14.3)

  HDF5 C-kørselstidsfiler - seriel version

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  GNU Standard C++ bibliotek v3

• dep: zlib1g

  Komprimeringsbibliotek - kørselstid

• rec: samtools

  Forarbejdning af sekvensopstillinger i SAM-, BAM- og CRAM-formater

• sug: bandage

  Bioinformatikprogram til nemt at navigere de novo-samlingsgrafer

Download minia

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
arm64	3.2.6-4+b3	386.0 kB	825.0 kB	[list of files]