Package: salmon (1.10.2+ds1-1 and others)

[ Source: salmon  ]

Wicked-hurtig transskriptkvantificering fra RNA-seq-data

Salmon er et wicked-hurtigt program til at producere et meget præcist transkriptionsniveau for kvantificeringsestimater fra RNA-seq-data. Salmon opnår nøjagtighed og hastighed via en række forskellige innovationer, herunder brug af simple justeringer (nøjagtige men hurtige til at beregne proxyer til traditionel læsningssammenligninger) og massivt parallelt stokastisk sammenbrudt variationsinferens. Resultatet er et alsidigt værktøj, som passer fint ind i mange forskellige datakanaler. For eksempel kan du vælge at gøre brug af simple justeringer af at give Salmon

 rå sekventeringslæsninger, eller hvis det er mere praktisk kan du give

Salmon regelmæssige sammenligninger (f.eks. beregnet med din favoritsammenligner), og det vil bruge den samme wicked-hurtige og moderne inferensalgoritme til at estimere transkriptionsniveauer for dit eksperiment.

Other Packages Related to salmon

• dep: libboost-filesystem1.83.0 (>= 1.83.0)

  Filsystemhandlinger (flytbare stier, iteration over mappere etc.) i C++

• dep: libboost-iostreams1.83.0 (>= 1.83.0)

  Bibliotek for Boost.Iostreams

• dep: libboost-program-options1.83.0 (>= 1.83.0)

  bibliotek til programindstillinger for C++

• dep: libc6 (>= 2.38)

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.4)

  GCC støttebibliotek

• dep: libjemalloc2 (>= 5.0.0)

  skalerbar og samtidig malloc(3)-implementering for mange formål

• dep: libjs-sphinxdoc (>= 7.4)

  JavaScript-understøttelse for Sphinx-dokumentation

• dep: libstaden-read14t64 (>= 1.14.12)

  Stadenbibliotek til at læse og skrive DNA-sekvensresultater

• dep: libstdc++6 (>= 14)

  GNU Standard C++ bibliotek v3

• dep: libtbb12 (>= 2021.4.0)

  parallelism library for C++ - runtime files

• dep: libtbbmalloc2 (>= 2017~U7)

  parallelism helper library for C++ - runtime files

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Komprimeringsbibliotek - kørselstid

Download salmon

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
amd64	1.10.2+ds1-1+b4	3,324.1 kB	12,958.0 kB	[list of files]