Package: r-bioc-tximeta (1.22.1+dfsg-1)

[ Source: r-bioc-tximeta  ]

Transcript Quantification Import with Automatic Metadata

Transcript quantification import from Salmon and alevin with automatic attachment of transcript ranges and release information, and other associated metadata. De novo transcriptomes can be linked to the appropriate sources with linkedTxomes and shared for computational reproducibility.

Other Packages Related to r-bioc-tximeta

• dep: r-api-4.0

  virtual package provided by r-base-core

• dep: r-api-bioc-3.19

  virtual package provided by r-bioc-biocgenerics

• dep: r-bioc-annotationdbi (>= 1.66.0)

  GNU R Annotation Database-grænseflade for BioConductor

• dep: r-bioc-annotationhub (>= 3.12.0)

  GNU R-klient til at tilgå AnnotationHub-ressourcer

• dep: r-bioc-biocfilecache (>= 2.12.0)

  GNU R management of files across sessions

• dep: r-bioc-biostrings (>= 2.72.1)

  GNU R-strengobjekter der repræsenterer biologiske sekvenser

• dep: r-bioc-ensembldb (>= 2.28.0)

  GNU R-redskaber til at oprette og bruge en Ensembl-baseret annotationsdatabase

• dep: r-bioc-genomeinfodb (>= 1.40.1)

  BioConductor-redskaber til at manipulere kromosomidentifikatorer

• dep: r-bioc-genomicfeatures (>= 1.56.0)

  GNU R-værktøjer til at lave og manipulere transcript centric-annotationer

• dep: r-bioc-genomicranges (>= 1.56.1)

  BioConductor-repræsentation og manipulation af genomiske intervaller

• dep: r-bioc-iranges (>= 2.38.1)

  GNU R - containere på lavt niveau til at lagre sæt af heltalsintervaller

• dep: r-bioc-s4vectors (>= 0.42.1)

  BioConductor S4-implementering af vektorer og lister

• dep: r-bioc-summarizedexperiment (>= 1.34.0)

  BioConductor - assay-container

• dep: r-bioc-txdbmaker

  Tools for making TxDb objects from genomic annotations

• dep: r-bioc-tximport (>= 1.32.0)

  Estimater på transkriptniveau for biologisk sekventering

• dep: r-cran-jsonlite

  Robust, High Performance JSON Parser and Generator for R

• dep: r-cran-matrix

  GNU R-pakke til klasser for tætte matricer og matricer med få udfald

• dep: r-cran-tibble

  GNU R - simple datarammer

• sug: r-bioc-deseq2 (>= 1.44.0)

  R-pakke for RNS-Seq-differentiel udtryksanalyse

• sug: r-bioc-edger (>= 4.2.0)

  Empirisk analyse af digitale gen-udtryksdata i R

• sug: r-bioc-fishpond (>= 2.10.0)

  Differential transcript and gene expression with inferential replicates

• sug: r-bioc-limma (>= 3.60.3)

  Lineære modeller for microarray-data

• sug: r-bioc-tximportdata (>= 1.32.0)

  GNU R various transcript abundance quantifiers

• sug: r-cran-devtools

  Værktøjer til at gøre udvikling af R-pakker hurtigere

• sug: r-cran-knitr

  GNU R-pakke for dynamisk rapportoprettelse via Literate Programming

• sug: r-cran-rmarkdown

  convert R markdown documents into a variety of formats

• sug: r-cran-testthat

  GNU R-testpakke

Download r-bioc-tximeta

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
all	525.8 kB	728.0 kB	[list of files]