Package: parsnp (2.0.6+dfsg-1)

[ Source: parsnp  ]

Hurtig grundlæggende gensammenligning

Parsnp blev designet til at sammenligne det grundlæggende genom for hundredvis til tusindvis af bakteriegenomer på nogle få minutter til nogle få timer. Inddata kan være både prøvesamlinger og færdige genomer, og resultatet inkluderer variantkald (SNP), grundlæggende genomfylogeni og flere sammenligninger. Parsnp udnytter kontekstinformation tilbudt af flere sammenligninger omgivende SNP-sider til at filtrere/rense, udover eksisterende værktøjer for ny registrering/filtrering af kombination og fylogenetisk rekonstruktion.

Other Packages Related to parsnp

• dep: fasttree

  Fylogenetiske træer fra opstillinger af nukleotid- eller proteinsekvenser

• dep: harvest-tools

  Arkivering og efterbehandling for referencekomprimerede genomiske fler-justeringer

• dep: libc6 (>= 2.38)

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

  GCC støttebibliotek

• dep: libgomp1 (>= 6)

  GCC OpenMP-understøttelsesbibliotek (GOMP)

• dep: libmuscle1 (>= 3.7+4565)

  Flerjusteringsprogram for proteinsekvenser

• dep: libstdc++6 (>= 14)

  GNU Standard C++ bibliotek v3

• dep: mummer

  Effektiv sekvensjustering for hele genomer

• dep: phipack

  PHI-test og andre test med rekombination

• dep: python3

  Interaktivt objektorienteret højniveausprog - standardversion af Python 3

• dep: python3-biopython

  Python 3-bibliotek for bioinformatik

• dep: python3-numpy

  Hurtig tabelfacilitet til Python 3-sproget

• dep: python3-pyspoa

  Pythonbindinger for spoa

• dep: python3-tqdm

  Hurtig, udvidelig statusbjælke for Python 3 og kommandolinjeværktøjer

• dep: raxml

  Randomized Axelerated Maximum Likelihood for pylogenetiske træer

• dep: time

  GNU's tidsprogram til måling af cpu-ressourceforbrug

• rec: python3-dendropy

  DendroPy Phylogenetic Computing Library - Python 3

Download parsnp

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
amd64	208.2 kB	1,958.0 kB	[list of files]