Package: jellyfish1 (1.1.11-9)

[ Source: jellyfish1  ]

Tæl k-mers i DNA-sekvenser

JELLYFISH er et værktøj for hurtig, hukommelseseffektiv optælling af k-mers i DNA. En k-mer er en understreng med længden k, og optælling af forekomsterne af alle sådanne understrenge er et centralt trin i mange analyser af DNA-sekvenser. JELLYFISH kan optælle k-mers via en i størrelsesorden mindre brug af hukommelse og via en i størrelsesorden større hurtighed end andre k-mer optællingspakker ved at bruge en effektiv kodning af en hashtabel og ved at udnytte cpu-instruktionen »compare-and- swap« til at øge parallelisme.

JELLYFISH er et program for kommandolinjen, som læser FASTA- og multi- FASTA-filer indeholdende DNA-sekvenser. Den fremstiller sin k-mer- optælling i et binært format, som kan oversættes til et læsevenligt tekstformat via kommandoen »jellyfish dump«.

Dette er den seneste version af 1.x-serien af jellyfish, som bruges af nogle andre programmer, som ikke er kompatible med version 2.x, som tilbydes i pakken jellyfish.

Other Packages Related to jellyfish1

• dep: libc6 (>= 2.34)

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

  GCC støttebibliotek

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  GNU Standard C++ bibliotek v3

• enh: kraken

  Tildeling af taksonomiske etiketter til korte DNA-sekvenser

Download jellyfish1

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
amd64	129.2 kB	651.0 kB	[list of files]