Package: last-align (1542-1 and others) [debports]
Links for last-align
Debian Resources:
Download Source Package :
Not foundMaintainers:
External Resources:
- Homepage [gitlab.com]
Similar packages:
sammenligning af biologisk sekvenser på genom-skala
LAST er programmel til sammenligning og justering af sekvenser, typisk DNA- eller protein-sekvenser. LAST ligner BLAST, men det er bedre til at håndtere meget store mængder af sekvensdata. Her er to ting som LAST er god til:
* Sammenligning af store (eksempelvis pattedyrs) genomer. * Kortlægge masser af sekvens-mærker oven på et genom.
Den primære, tekniske innovation er at LAST finder indledende samstemmende forekomster, baseret på deres mangfoldighed, i stedet for at benytte en fast størrelse (BLAST bruger eksempelvis 10-mers). Dette gør, at man kan kortlægge mærker til genomer, uden gentagelsesmaskering (eng. »repeat- masking«), uden at blive overvældet af gentagne forekomster. For at finde disse forekomster som har forskellige størrelser, så bruger den en suffiks- række (inspireret af Vmatch). For at opnå høj følsomhed, så bruger den en usammenhængende suffiks-række, der er en analog til frø som placeres med mellemrum.
Other Packages Related to last-align
|
|
|
|
-
- dep: libc6.1 (>= 2.38)
- GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
also a virtual package provided by libc6.1-udeb
-
- dep: libgcc-s1 (>= 3.4)
- GCC støttebibliotek
-
- dep: libstdc++6 (>= 13.1)
- GNU Standard C++ bibliotek v3
-
- dep: python3
- Interaktivt objektorienteret højniveausprog - standardversion af Python 3
-
- dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)
- Komprimeringsbibliotek - kørselstid
-
- rec: parallel
- Byg og afvikl kommandolinjer fra standardind parallelt
-
- rec: python3-pil
- Python Imaging Library - Python3
Download last-align
Architecture | Version | Package Size | Installed Size | Files |
---|---|---|---|---|
alpha (unofficial port) | 1542-1+b1 | 728.3 kB | 2,809.0 kB | [list of files] |