Parvise justeringsplot for arvemassesekvenser i PostScript
Et program til at visualisere tilpasningen af to arvemassesekvenser sammen
med deres anmærkninger. Fra GFF-formaterede inddatafiler fremstilles
PostScript-figurer for den opstilling.
Den følgende menu viser mange af funktionerne i gff2aplot:
* Omfattende tilpasningsplot for alle GFF-funktioner. Attributter
defineres separat, så du kan kun ændre overordnede attributter
for en given fil eller dele samme tilpasning på tværs af
forskellige datasæt.
* Alle parametre er som standard indstillet i programmet, men det
kan også være fuldt konfigureret via gff2ps-lignende fleksible
tilpasningsfiler. Programmet kan håndtere flere af disse
filer, der sammenfatter alle indstillinger, før de fremstiller
det tilsvarende tal. Desuden kan alle tilpasningsparametre
indstilles via kommandolinjeparametre, som giver brugerne
mulighed for at lege med de parametre, før du tilføjer noget
til en tilpasset fil.
* Kilderækkefølgen er taget fra inddatafiler, hvis du bytter
filrækkefølge, kan du visualisere tilpasning og dens annotation
med det nye inddataarrangement.
* Alle justeringsbedømmelserne kan visualiseres i en PiP-boks nedenfor
gff2aplot-området, via en grå-farve-skala, brugerdefineret farveskala
eller bedømmelsesafhængige farveovergange.
* Skalerbare skrifttyper, som også kan vælges blandt de grundlæggende
PostScript-standardskrifter. Funktion- og gruppeetiketter kan drejes
for at forbedre læsbarheden i begge annotationsakser.
* Programmet er stadig defineret som et Unix-filter, så det kan
håndtere data fra filer, omadresseringer og datakanaler, skrive
resultatet til standardud og advarsler til standardfejl.
* Gff2aplot er i stand til at håndtere mange fysiske sideformater
(fra A0 til A10, og flere -see tilgængelige sidestørrelser i sin
manual-), inklusive brugerdefinerede. Dette giver mulighed for
at oprette arvemassekort i plakatstørrelse, enten i portræt eller
landskab.
* Du kan tegne forskellige justeringer på samme tilpasningsplot og
skelne dem ved hjælp af forskellige farver for hver.
* Formordbogen er blevet udvidet, således at yderligere formfigurer
er til rådighed (se vejledning).
* Annotation af fremskrivninger gennem tilpasningsplot (såkaldte bånd)
emulerer gennemsigtighed via komplementære farveudfyldningsmønstre.
Denne funktion gør det muligt at vise farvede pseudo-blandinger, når
vandrette og lodrette bånd overlapper hinanden.
