Package: dotter (4.44.1+dfsg-7.1 and others) [debports]
Links for dotter
Debian Resources:
Download Source Package :
Not foundMaintainers:
External Resources:
- Homepage [www.sanger.ac.uk]
Similar packages:
Detaljeret sammenligning af to genomsekvenser
Dotter er et grafisk punkt-matrix program til detaljeret sammenligning af to sekvenser.
* Alle rester i en sekvens sammenlignes med alle rester i den anden sekvens og en matrix med bedømmelser beregnes * En sekvens plottes på x-aksen og den anden på y-aksen * Støj filtreres ud så at sammenligninger fremstår som diagonale linjer * Parvis bedømmelse udlignes over et glidende vindue for at gøre bedømmelsesmatrixen mere forståelig * Den gennemsnitlige bedømmelsesmatrix former et tredimensionelt landskab, med de to sekvenser i to dimensioner og højden på spidserne i den tredje. Dette landskab projekteres til to dimensioner via et billede i grå skala - jo mørkere grå på en spids, jo højere er bedømmelsen * Kontrasten og tærsklen for det gråskalerede billede kan justeres interaktivt, uden at skulle regne bedømmelsesmatrixen om * Et sammenligningsværktøj tilbydes til at undersøge sekvenssammenligninger som grå-skala-billedet repræsenterer * Kendte højt-scorende par kan indlæses fra en GFF-fil og lægges over plottet. * Gene models can be loaded from GFF and displayed alongside the relevant axis. * Sammenlign en sekvens mod sig selv for at finde interne gentagelser * Find overlap mellem flere sekvenser ved at udføre et punkt-plot for alle sekvenser mod dem selv * Kør Dotter i jobtilstand for at oprette store, tidsforbrugende punkt-plot som en baggrundsproces
Other Packages Related to dotter
|
|
|
|
-
- dep: libc6.1 (>= 2.38)
- GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
also a virtual package provided by libc6.1-udeb
-
- dep: libcairo2 (>= 1.2.4)
- Cairo 2D - vektorgrafikbibliotek
-
- dep: libcurl4t64 (>= 7.16.2)
- nemt at bruge adresseoverførelsesbibliotek for klientsiden (OpenSSL-variant)
-
- dep: libgbtools0t64 (>= 4.44.1+dfsg)
- Bibliotek til at visualisere sekvenssammenligninger
-
- dep: libgcc-s1 (>= 3.0)
- GCC støttebibliotek
-
- dep: libglib2.0-0t64 (>= 2.76.0)
- GLib-bibliotek for C-rutiner
-
- dep: libgtk2.0-0t64 (>= 2.12.0)
- Grafisk brugergrænsefladebibliotek til GTK - ældre version
-
- dep: libpango-1.0-0 (>= 1.14.0)
- Layout og optegning af internationaliseret tekst
-
- dep: libpangocairo-1.0-0 (>= 1.14.0)
- Layout og optegning af internationaliseret tekst
-
- dep: libstdc++6 (>= 5.2)
- GNU Standard C++ bibliotek v3
Download dotter
Architecture | Version | Package Size | Installed Size | Files |
---|---|---|---|---|
alpha (unofficial port) | 4.44.1+dfsg-7.1+b1 | 591.7 kB | 841.0 kB | [list of files] |