Package: kaptive-data (2.0.8-1)

[ Source: kaptive  ]

Referencedata for kaptive for Klebsiella-genomsamlinger

Kaptive rapporterer information om I- og O-typer for Klebsiella-genomsamlinger.

Givet et nyt genom og en database med kendte loci (K eller O) vil Kaptive hjælpe en bruger med at bestemme om deres prøve har en kendt eller ny locus. Programmet udfører følgende for hver samling:

 * BLAST for alle kendte locus nukleotidsekvenser (via blastn) til at
   identificere det bedste match (»bedst« defineret som havende den
   højeste dækning).
 * Udtræk regionerne for samlingen der svarer til BLAST-træfninger (dvs.
   sekvensen locus i samlingen) og gem den til en FASTA-fil.
 * BLAST for alle kendte gener (via tblastn) til at identificere hvilke
   forventede gener (gener i den bedst matchende locus) der er til stede/
   mangler og om uventede gener (gener fra andre loci) er til stede.
 * Vis resultatet i et overblik i en tabelfil.

I tilfælde hvor din samling tæt matcher en kendt locus, bør Kaptive gøre det indlysende.

Denne pakke indeholder en referencedatabase. Den bruges ikke nødvendigvis til at afvikle kaptive da du kan bruge din egen database.

Other Packages Related to kaptive-data

• enh: kaptive

  Indhent information om K- og O-typer for Klebsiella-genomsamlinger

Download kaptive-data

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
all	2,622.7 kB	22,315.0 kB	[list of files]