Package: r-bioc-ensembldb (2.30.0+dfsg-1)

[ Source: r-bioc-ensembldb  ]

Experimental package

Warning: This package is from the experimental distribution. That means it is likely unstable or buggy, and it may even cause data loss. Please be sure to consult the changelog and other possible documentation before using it.

GNU R-redskaber til at oprette og bruge en Ensembl-baseret annotationsdatabase

Denne pakke tilbyder funktioner til at oprette og bruge transkript centreret annotationsdatabaser og -pakker. Annotationen for databaserne er direkte hentet fra Ensembl via deres Perl-API. Funktionaliteten og data svarer til TxDb-pakker fra pakken GenomicFeatures, men, udover at hente alle gen/transkript-modeller og -annotationer fra databasen tilbyder pakken ensembldb også en filterramme til at hente annotationer for specifikke elementer såsom gener kodet på en kromosomregion eller transkriptmodeller for lincRNA-gener.

Other Packages Related to r-bioc-ensembldb

• dep: r-api-4.0

  Package not available

• dep: r-api-bioc-3.20

  virtual package provided by r-bioc-biocgenerics

• dep: r-bioc-annotationdbi (>= 1.31.19)

  GNU R Annotation Database-grænseflade for BioConductor

• dep: r-bioc-annotationfilter (>= 1.5.2)

  Faciliteter til at filtrere Bioconductors bemærkningsressourcer

• dep: r-bioc-biobase

  Grundlæggende funktioner for Bioconductor

• dep: r-bioc-biocgenerics (>= 0.15.10)

  Generiske funktioner for Bioconductor

• dep: r-bioc-biostrings (>= 2.47.9)

  GNU R-strengobjekter der repræsenterer biologiske sekvenser

• dep: r-bioc-genomeinfodb

  BioConductor-redskaber til at manipulere kromosomidentifikatorer

• dep: r-bioc-genomicfeatures (>= 1.49.6)

  GNU R-værktøjer til at lave og manipulere transcript centric-annotationer

• dep: r-bioc-genomicranges (>= 1.31.18)

  BioConductor-repræsentation og manipulation af genomiske intervaller

• dep: r-bioc-iranges (>= 2.13.24)

  GNU R - containere på lavt niveau til at lagre sæt af heltalsintervaller

• dep: r-bioc-protgenerics

  S4-generiske funktioner for Bioconductor proteomics-infrastruktur

• dep: r-bioc-rsamtools

  GNU R-binær sammenligning (BAM), variantkald (BCF) eller tabix-filimport

• dep: r-bioc-rtracklayer

  GNU R-grænseflade til genombrowsere og deres annotationsspor

• dep: r-bioc-s4vectors (>= 0.23.10)

  BioConductor S4-implementering af vektorer og lister

• dep: r-cran-curl

  GNU R modern and flexible web client for R

• dep: r-cran-dbi

  GNU R-pakke der tilbyder en generisk databasegrænseflade

• dep: r-cran-rsqlite (>= 1.1)

  Database Interface R-driver for SQLite

• sug: r-bioc-annotationhub

  GNU R-klient til at tilgå AnnotationHub-ressourcer

• sug: r-bioc-biocstyle

  Standardstile for vignettes og andre Biocunductor-dokumenter

• sug: r-bioc-ggbio (>= 1.24.0)

  Visualization tools for genomic data

• sug: r-bioc-gviz (>= 1.20.0)

  Plot data og annotationsinformation langs genomiske koordinater

• sug: r-cran-knitr

  GNU R-pakke for dynamisk rapportoprettelse via Literate Programming

• sug: r-cran-rmarkdown

  convert R markdown documents into a variety of formats

• sug: r-cran-testthat

  GNU R-testpakke

Download r-bioc-ensembldb

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
all	1,474.3 kB	2,343.0 kB	[list of files]