Package: samtools (1.21-0+exp1)

[ Source: samtools  ]

Experimental package

Warning: This package is from the experimental distribution. That means it is likely unstable or buggy, and it may even cause data loss. Please be sure to consult the changelog and other possible documentation before using it.

Forarbejdning af sekvensopstillinger i SAM-, BAM- og CRAM-formater

Samtools er et sæt af værktøjer, der manipulerer sammenligninger af nukleotidsekvenser i det binære BAM-format. Værktøjet importerer fra og eksporterer til ascii SAM-formatet (Sequence Alignment/Map) og CRAM-formater, udfører sortering, sammenlægning og indeksering, og gør det muligt at hente læsninger i alle områder hurtigt. Det er designet til at arbejde på en strøm, og er i stand til at åbne en BAM- eller CRAM-fil (ikke SAM) på en ekstern FTP- eller HTTP-server.

Tags: Field: Biology, Bioinformatics, Implemented in: implemented-in::c, interface::commandline, Networking: Client, Network Protocol: FTP, protocol::http, role::program, Scope: Utility, Interface Toolkit: Ncurses TUI, Purpose: use::analysing, use::calculating, Filtering, Works with: Biological Sequence

Other Packages Related to samtools

• dep: libc6 (>= 2.34)

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libhts3t64 (>= 1.21)

  C-bibliotek for høj-gennemløb sekvensdataformater

• dep: libncurses6 (>= 6)

  delte biblioteker til terminalhåndtering

• dep: libtinfo6 (>= 6)

  delt terminfo-bibliotek på lavt niveau for terminalhåndtering

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3)

  Komprimeringsbibliotek - kørselstid

• sug: cwltool

  Common Workflow Language - referenceimplementering

Download samtools

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
armhf	617.1 kB	1,164.0 kB	[list of files]