Package: r-cran-alakazam (1.3.0-2~0exp0)

[ Source: r-cran-alakazam  ]

Experimental package

Warning: This package is from the experimental distribution. That means it is likely unstable or buggy, and it may even cause data loss. Please be sure to consult the changelog and other possible documentation before using it.

Immunoglobulin Clonal Lineage og Diversity Analysis

Alakazam er en del af Immcantation-analyserammen for Adaptive Immune Receptor Repertoire-sekventering (AIRR-seq) og tilbyder et sæt af værktøjer til at undersøge lymfocytreceptor klonale linjer, diversitet, genbrug og andre repertoire-niveauegenskaber med fokus på høj-gennemløb immunoglobulin -sekventering (Ig).

Alakazam har fem hovedformål:

 * Tilbyder grundlæggende funktionalitet for andre R-pakker i rammen
   Immcantation. Dette inkluderer gængse opgaver såsom fil-I/O,
   grundlæggende DNA-sekvensmanipulering og interaktion med V(D)J-segment
   og genannoationer
 * Tilbyder en R-grænseflade til interaktion med resultatet af pRESTO- og
   Change-O-værktøjspakkerne
 * Udfører afstamningsrekonstruktion på klonale populationer af Ig-
   sekvenser og analyserer topologien af ​​de resulterende afstamningstræer
 * Udførelse af klonal overflods- og diversitetsanalyse på lymfocyt-
   repertoirer
 * Udførelse af fysisk-kemiske egenskabsanalyser af lymfocytreceptor-
   sekvenser

Other Packages Related to r-cran-alakazam

• dep: libc6 (>= 2.17)

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

  GCC støttebibliotek

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  GNU Standard C++ bibliotek v3

• dep: r-api-4.0

  Package not available

• dep: r-bioc-biostrings (>= 2.72.1)

  GNU R-strengobjekter der repræsenterer biologiske sekvenser

• dep: r-bioc-genomicalignments (>= 1.40.0)

  Bioconductor-repræsentation og manipulering af korte arvemassesammenligninger

• dep: r-bioc-iranges (>= 2.38.1)

  GNU R - containere på lavt niveau til at lagre sæt af heltalsintervaller

• dep: r-cran-airr (>= 1.4.1)

  GNU R AIRR-datarepræsentation - referencebibliotek

• dep: r-cran-ape

  GNU R-pakke for Analyses of Phylogenetics and Evolution

• dep: r-cran-dplyr (>= 1.0)

  GNU R-grammatik for datamanipulering

• dep: r-cran-ggplot2 (>= 3.4.0)

  Implementering af Grammar of Graphics

• dep: r-cran-igraph (>= 1.5.0)

  GNU R-netværksanalyse og visualisering

• dep: r-cran-matrix (>= 1.3-0)

  GNU R-pakke til klasser for tætte matricer og matricer med få udfald

• dep: r-cran-progress

  GNU R - statusbjælker for terminalen

• dep: r-cran-rcpp (>= 0.12.12)

  GNU R-pakke for Seamless R og C++-integration

• dep: r-cran-readr

  GNU R package to read rectangular text data

• dep: r-cran-rlang

  Funktioner for basistyper samt Core R- og »Tidyverse«-funktioner

• dep: r-cran-scales

  Skaler funktioner for visualisering

• dep: r-cran-seqinr

  GNU R-biologiske sekvenser - indhentelse og analyse

• dep: r-cran-stringi

  GNU R- faciliteter til behandling af tegnstrenge

• dep: r-cran-tibble

  GNU R - simple datarammer

• dep: r-cran-tidyr (>= 1.0)

  GNU R-pakke til nemt at rydde op i data

• sug: r-cran-knitr

  GNU R-pakke for dynamisk rapportoprettelse via Literate Programming

• sug: r-cran-rmarkdown

  convert R markdown documents into a variety of formats

• sug: r-cran-testthat

  GNU R-testpakke

Download r-cran-alakazam

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
arm64	2,359.3 kB	2,851.0 kB	[list of files]