Package: smalr (1.1+dfsg-2)

[ Source: smalr  ]

Efterforskning af methyleringsstatus for nukleotidsekventeringlæsninger

SMALR-pakken udfører undersøgelser på enkeltmolekyleniveau via methyleringstatussen for enkeltmolekyle realtids (SMRT) sekventeringslæsninger. Der er to protokoller tilgængelige for brug med datakanalen, SMsn og SMp.

 * SMsn: Enkeltmolekyle, enkelt nukleotidanalyse
   Hvert motif-sted på hvert sekventeringsmolekyle vurderes for
   methyleringstatus. Dette er designet til brug med kort (~ 250bp)
   sekventeringsbibliotek-preps, hvor de lange læselængder af MRT-
   læsninger muliggør flere passeringer over hvert motif-sted.
   Pålideligheden af ​​SMsn-bedømmelserne stiger med flere gennemløb
   (d.v.s. højere enkeltmolekyldækning).
 * SMp: Enkeltmolekyle, motif-poolet analyse
   Alle motif-steder på et sekventeringsmolekyle samles sammen og
   molekyleudbredt methyleringsstatus for det givne motif vurderes.
   Dette er designet til brug med lange (10Kb +)
   sekventeringsbibliotekspreps, hvor hvert enkelt langt underlæsning
   kan spænde over mange forskellige motif-steder. Pålideligheden af
   SMp-bedømmelserne stiger med stigende antal distinkte motif-steder
   indeholdt i underlæsningen.

Other Packages Related to smalr

• dep: bwa (>= 0.7)

  Burrows-Wheeler Aligner (sekvenssammenligner)

• dep: cython

  C-udvidelser til Python

• dep: python

  Interaktivt objektorienteret sprog på højt niveau - Python 2-version

• dep: python-h5py

  Almen Pythongrænseflade til hdf5 - Python 2

• dep: python-numpy

  Numerisk Python tilføjer en hurtig vektor-/array-facilitet til Pythonsproget

• dep: python-pbcore

  Python 2-bibliotek for behandling af PacBio-datafiler

• dep: r-base-core (>= 3.0)

  GNU R-kerne af statistisk beregning og grafiksystem

• dep: r-cran-seqinr

  GNU R-biologiske sekvenser - indhentelse og analyse

• dep: samtools

  Forarbejdning af sekvensopstillinger i SAM-, BAM- og CRAM-formater

Download smalr

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
all	22.5 kB	102.0 kB	[list of files]